| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,961,065 | T→A | 18.0% | Q77L (CAA→CTA) | cheZ ← | chemotaxis regulator, protein phosphatase for CheY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,961,065 | 0 | T | A | 18.0% | 440.0 / 82.4 | 171 | Q77L (CAA→CTA) | cheZ | chemotaxis regulator, protein phosphatase for CheY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (77/63); new base A (13/18); total (90/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TGGTATGCGCGGGTACATCTGCCAGAAATTGTCGTGTATCTGTTACCAGTTCACGGGCGTCGGCAAGGTCAATCGGATCGGCAAACCAGTCATCCCAACGTTGGGTTAACGCTTTTGCTGATTTCTCCATTTGATCCTGATGCGGTTGTGACGCCTCAACACTGTTCAGCGCCCGCTCCGCAGCCTGGGCGGTCATCTGCACAACATAGTACAAACGATCGCGCGCATCGGGGATGGCTTCCGCCGCTTCGGCAATGGCCTGATCCAGCCCCAGTTCCCGCAAACTGTCGCGC > CP009273/1960919‑1961211 | tGGTATGCGCGGGTACATCTGCCAGAAATTGTCGTGTATCTGTTACCAGTTCACGGGCGTCGGCAAGGTCAATCGGATCGGCAAACCAGTCATCCCAACGTTGGGTTAACGCTTTTGCTGATTTCTCCATTTGATCCTGATGCGGTtg > 1:212643/1‑148 (MQ=255) ggTATGCGCGGGTACATCTGCCAGAAATTGTCGTGTATCTGTTACCAGTTCACGGGCGTCGGCAAGGTCAATCGGATCGGCAAACCAGTCATCCCAACGTTGGGTTAACGCTTTTGCTGATTTCTCCATTTGATCCTGATGCGGTtgt < 1:42319/148‑1 (MQ=255) gTATGCGCGGGTACATCTGCCAGAAATTGTCGTGTATCTGTTACCAGTTCACGGGCGTCGGCAAGGTCAATCGGATCGGCAAACCAGTCATCCCAACGTTGGGTTAACGCTTTTGCTGATTTCTCCATTTGATCCTGATGCGGTtgtg < 2:766318/148‑1 (MQ=255) gTATGCGCGGGTACATCTGCCAGAAATTGTCGTGTATCTGTTACCAGTTCACGGGCGTCGGCAAGGTCAATCGGATCGGCAAACCAGTCATCCCAACGTTGGGTTAACGCTTTTGCTGATTTCTCCATTTGATCCTGATGCGGTtgtg > 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ccATTTGATCCTGATGCGGTTGTGACGCCTCAACACTGTTCAGCGCCCGCTCCGCAGCCTGGGCGGTCATCTGCACAACATAGTACAAACGATCGCGCGCATCGGGGATGGCTTCCGCCGCTTCGGCAATGGCCTGATCCAGCCCCAg > 2:2373365/1‑148 (MQ=255) ccATTTGATCCTGATGCGGTTGTGACGCCTCAACACTGTTCAGCGCCCGCTCCGCAGCCTGGGCGGTCATCTGCACAACATAGTACAAACGATCGCGCGCATCGGGGATGGCTTCCGCCGCTTCGGCAATGGCCTGATCCAGCCCCAg < 1:1806125/148‑1 (MQ=255) aTTTGATCCTGATGCGGTTGTGACGCCTCAACACTGTTCAGCGCCCGCTCCGCAGCCTGGGCGGTCATCTGCACAACATAGTACAAACGATCGCGCGCATCGGGGATGGCTTCCGCCGCTTCGGCAATGGCCTGATCCAGCCCCAGtt > 2:1214123/1‑148 (MQ=255) ttGATCCTGATGCGGTTGTGACGCCTCAACACTGTTCAGCGCCCGCTCCGCAGCCTGGGCGGTCATCTGCACAACATAGTACAAACGATCGCGCGCATCGGGGATGGCTTCCGCCGCTTCGGCAATGGCCTGATCCAGCCCCAGTTcc > 2:3050936/1‑148 (MQ=255) ttGATCCTGATGCGGTTGTGACGCCTCAACACTGTTCAGCGCCCGCTCCGCAGCCTGGGCGGTCATCTGCACAACATAGTACAAACGATCGCGCGCATCGGGGATGGCTTCCGCCGCTTCGGCAATGGCCTGATCCAGCCCCAGTTcc > 2:1094517/1‑148 (MQ=255) 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ttGTGACGCCTCAACACTGTTCAGCGCCCGCTCCGCAGCCTGGGCGGTCATCTGCACAACATAGTACAAACGATCGCGCGCATCGGGGATGGCTTCCGCCGCTTCGGCACTGGCCTGATCCAGACCCAGTTCCCGCAAACTGTCgcgc > 2:1950488/1‑148 (MQ=255) | TGGTATGCGCGGGTACATCTGCCAGAAATTGTCGTGTATCTGTTACCAGTTCACGGGCGTCGGCAAGGTCAATCGGATCGGCAAACCAGTCATCCCAACGTTGGGTTAACGCTTTTGCTGATTTCTCCATTTGATCCTGATGCGGTTGTGACGCCTCAACACTGTTCAGCGCCCGCTCCGCAGCCTGGGCGGTCATCTGCACAACATAGTACAAACGATCGCGCGCATCGGGGATGGCTTCCGCCGCTTCGGCAATGGCCTGATCCAGCCCCAGTTCCCGCAAACTGTCGCGC > CP009273/1960919‑1961211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |