| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,102,280 | C→A | 13.5% | G262G (GGG→GGT) | wzxB ← | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,102,280 | 0 | C | A | 13.5% | 733.5 / 58.3 | 228 | G262G (GGG→GGT) | wzxB | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (100/97); new base A (11/20); total (111/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CCCAAGAGCAGAATTAATGAAAAAGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATATAAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAA > CP009273/2102134‑2102427 | cccAAGAGCAGAATTAATGAAAAAGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGcc < 1:3256618/148‑1 (MQ=255) ccAAGAGCAGAATTAATGAAAAAGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGccc < 2:366077/148‑1 (MQ=255) agagCAGAATTAATGAAAAAGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTg > 2:2210483/1‑148 (MQ=255) gagCAGAATTAATGAAAAAGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGa > 1:3206122/1‑148 (MQ=255) aTTAATGAAAAAGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGt < 1:443149/148‑1 (MQ=255) ttAATGAAAAAGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGtt > 2:2956924/1‑148 (MQ=255) gAAAAAGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTta < 1:259451/148‑1 (MQ=255) gAAAAAGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGACCTTGAAGCGCGTTTCTta < 2:93845/148‑1 (MQ=255) aaaaaGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTtat < 1:1461601/148‑1 (MQ=255) aaaaaGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTtat < 2:3103677/148‑1 (MQ=255) aaaGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAg > 1:2296532/1‑148 (MQ=255) aGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTa > 2:2518606/1‑148 (MQ=255) caccacCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTAtt < 1:3060180/148‑1 (MQ=255) ccaATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCg < 1:3295075/148‑1 (MQ=255) 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gCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATATAAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTaa > 2:1861737/1‑148 (MQ=255) | CCCAAGAGCAGAATTAATGAAAAAGCACCACCAATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATATAAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAA > CP009273/2102134‑2102427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |