| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,122,266 | G→T | 92.8% | S35* (TCG→TAG) | wcaF ← | putative acyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,122,266 | 0 | G | T | 92.8% | 546.0 / 33.0 | 194 | S35* (TCG→TAG) | wcaF | putative acyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/9); new base T (107/73); total (112/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.76e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
GTCATCGCCGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCG > CP009273/2122121‑2122410 | gTCATCGCCGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCTAc < 1:2879549/148‑1 (MQ=255) tCATCGCCGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGAcc > 2:1219430/1‑148 (MQ=255) cATCGCCGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCTACCa > 1:1539249/1‑148 (MQ=255) ccGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCTACCAGGCaa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |