Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,122,453 | C→T | 94.8% | A227T (GCT→ACT) | wcaE ← | putative glycosyl transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,122,453 | 0 | C | T | 94.8% | 738.8 / 24.2 | 229 | A227T (GCT→ACT) | wcaE | putative glycosyl transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/6); new base T (113/104); total (119/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCGGCTTTAT > CP009273/2122310‑2122596 | aaTAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAg < 2:2815417/148‑1 (MQ=255) aaTAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAg > 1:151945/1‑148 (MQ=255) aGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCa < 1:2438977/141‑1 (MQ=255) gCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGCCAg < 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tCAGTCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCGGCTTtat > 2:1847270/1‑148 (MQ=255) | TTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCGGCTTTAT > CP009273/2122310‑2122596 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |