| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,127,560 | T→G | 5.9% | Q525P (CAG→CCG) | wzc ← | colanic acid production tyrosine‑protein kinase; autokinase; Ugd phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,127,560 | 0 | T | G | 5.9% | 491.6 / 21.6 | 169 | Q525P (CAG→CCG) | wzc | colanic acid production tyrosine‑protein kinase; autokinase; Ugd phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (77/82); new base G (3/7); total (80/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
AGCTCGTGGGTGTAGCCTTTGCGCATATCGCAGTCGATCAACAACACGCGTTTATTGGTCTGGCTGATCACCGCCGCCAGGTTGGCGCAGACAAAGGTTTTACCAATTGACGGGCTAACCCCGGTCATCATCAACACATTGTTCTGTGCCTGCATCATCGCGAAGTGCAAACTGGTACGCAGACTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGTTTAATCCCTTTGATGGTTTTGACGCTATCACGCGCTTTC > CP009273/2127416‑2127706 | cTCGTGGGTGTAGCCTTTGCGCATATCGCAGTCGATCAACAACACGCGTTTATTGGTCTGGCTGATCACCGCCGCCAGGTTGGCGCAGACAAAGGTTTTACCAATTGACGGGCTAACCCCGGTCATCATCAACACATTGTTCTGTGcc > 1:460797/1‑148 (MQ=255) gTGGGTGTAGCCTTTGCGCATATCGCAGTCGATCAACAACACGCGTTTATTGGTCTGGCTGATCACCGCCGCCAGGTTGGCGCAGACAAAGGTTTTACCAATTGACGGGCTAACCCCGGTCATCATCAACACATTGTTCTGTGCCTGc < 2:1496354/148‑1 (MQ=255) tGGGTGTAGCCTTTGCGCATATCGCAGTCGATCAACAACACGCGTTTATTGGTCTGGCTGATCACCGCCGCCAGGTTGGCGCAGACAAAGGTTTTACCAATTGACGGGCTAACCCCGGTCATCATCAACACATTGTTCTGTGCCTGca > 2:2850896/1‑148 (MQ=255) ggTGTAGCCTTTGCGCATATCGCAGTCGTTCAACAACACGCGTTTATTGGTCTGGCTGATCACCGCCGCCAGGTTGGCGCAGACAACTGTTTTACCACTTTACGGGCTAAACCCGGTCATCATCAACCCATTGTTCTGTGCCTGcatc < 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cTGTGCCTGCATCATCGCGAAGTGCAAACTGGTACGCAGACTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGTTTAATCCCTTTGATGGTTTTGACGCTATCACGCGCTTTc < 1:1607902/148‑1 (MQ=255) | AGCTCGTGGGTGTAGCCTTTGCGCATATCGCAGTCGATCAACAACACGCGTTTATTGGTCTGGCTGATCACCGCCGCCAGGTTGGCGCAGACAAAGGTTTTACCAATTGACGGGCTAACCCCGGTCATCATCAACACATTGTTCTGTGCCTGCATCATCGCGAAGTGCAAACTGGTACGCAGACTACGGATGGCTTCAATCGCCAGATCGGTTGGATTCCCCACCGCCAGTAGCTGGCTCTGTTTATAGCGTTTAATCCCTTTGATGGTTTTGACGCTATCACGCGCTTTC > CP009273/2127416‑2127706 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |