| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,179,950 | C→T | 6.3% | I185I (ATC→ATT) | rcnA → | membrane protein conferring nickel and cobalt resistance |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,179,950 | 0 | C | T | 6.3% | 678.7 / 22.3 | 189 | I185I (ATC→ATT) | rcnA | membrane protein conferring nickel and cobalt resistance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (94/83); new base T (7/5); total (101/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
GACCATGGACATCATCACCATCACGAACATGGCGAGTATCAGGATGCCCATGCACGAGCCCATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGCCCGGCAGCAATTACCGTGCTGTTGATATGCATTCAGTTGAAAGCCCTGACACTGGGCGCAACACTGGTCGTCAGTTTCAGCATTGGCCTGGCGTTAACGCTTGTCACCGTAGGCGTTGGCGCAGCAATCAGCGTTCAGCAG > CP009273/2179804‑2180097 | cccATGGACATCATCACCATCACGAACATGGCGAGTATCAGGATGCCCATGCACGAGCCCATGCCAAGGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATccc < 2:775111/147‑1 (MQ=255) aCCATGGACATCATCACCATCACGAACATGGCGAGTATCAGGATGCCCATGCACGAGCCCATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATccc < 1:136002/148‑1 (MQ=255) aTGGACATCATCACCATCACGAACATGGCGAGTATCAGGATGCCCATGCACGAGCCCATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTg > 2:968075/1‑148 (MQ=255) tGGACATCATCACCATCACGAACATGGCGAGTATCAGGATGCCCATGCACGAGCCCATGCCAATGACATTAAACGACGCTTTGATGGTAGAGAGGTCACCAACTGGCAAATTTTGTTATTTGGCTTAACCGGTGGCCTTATCCCCTGc > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |