Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,184,513 | C→A | 14.8% | M204I (ATG→ATT) | yehC ← | putative periplasmic pilin chaperone |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,184,513 | 0 | C | A | 14.8% | 615.7 / 61.3 | 202 | M204I (ATG→ATT) | yehC | putative periplasmic pilin chaperone |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (89/83); new base A (17/13); total (106/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.80e-01 |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
TGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGCATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATA > CP009273/2184366‑2184660 | gCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGCATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCa < 2:1428268/148‑1 (MQ=255) aGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGCATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCataa < 2:573994/148‑1 (MQ=255) tGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGCATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCataata < 1:964714/148‑1 (MQ=255) gggTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGCATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGt 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acacTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTaa > 1:2202385/1‑148 (MQ=255) acacTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATAATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTaa < 2:1033315/148‑1 (MQ=255) acacTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATAATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTaa < 2:1012146/148‑1 (MQ=255) cacTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTaaa < 2:631109/148‑1 (MQ=255) cacTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTaaa > 2:1305960/1‑148 (MQ=255) cacTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTaaa < 1:353235/148‑1 (MQ=255) acTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAAt > 1:3302536/1‑148 (MQ=255) ctctGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTAATAATTGACTTTGACATTATTATCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATg < 2:840624/148‑1 (MQ=255) tctGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGt > 1:921282/1‑148 (MQ=255) tctGACTTTCTAAGGGGGCAATAATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGt > 2:2768085/1‑148 (MQ=255) aCTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCt > 2:2976012/1‑148 (MQ=255) aCTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCt < 1:1035607/148‑1 (MQ=255) aCTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCt < 1:2687777/148‑1 (MQ=255) ttCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCttta > 2:2471198/1‑148 (MQ=255) gggggCAATAATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTAcc > 1:1165023/1‑148 (MQ=255) ggggCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCg > 2:2310230/1‑148 (MQ=255) ggggCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCg > 2:2012924/1‑148 (MQ=255) ggggCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCg > 1:478268/1‑148 (MQ=255) cAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGc > 1:743713/1‑148 (MQ=255) cAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGc > 1:2063375/1‑148 (MQ=255) aaTCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCa < 1:1421883/148‑1 (MQ=255) | TGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGCATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTCACCCAATTAGCTGAGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATA > CP009273/2184366‑2184660 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |