| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,189,138 | C→A | 11.2% | R454S (CGC→AGC) | metG → | methionyl‑tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,189,138 | 0 | C | A | 11.2% | 541.5 / 30.4 | 160 | R454S (CGC→AGC) | metG | methionyl‑tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/81); new base A (7/11); total (68/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACTGACCGAGCGTG > CP009273/2188991‑2189285 | gACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCt < 1:1220269/148‑1 (MQ=255) cGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTc > 1:3093876/1‑148 (MQ=255) gTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCg < 1:319849/148‑1 (MQ=255) tGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGa < 1:1745519/148‑1 (MQ=255) gCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGAt > 2:2300079/1‑148 (MQ=255) ggCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGaa > 1:854192/1‑148 (MQ=255) aaGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAg < 1:391282/148‑1 (MQ=255) gCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGc > 2:496001/1‑148 (MQ=255) gCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGc < 1:2005134/148‑1 (MQ=255) cGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCt < 2:1579567/148‑1 (MQ=255) aCTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTTAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCg < 1:1781682/148‑1 (MQ=255) tGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCgtg > 1:1891740/1‑148 (MQ=255) ggCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCgtgg < 1:1025244/148‑1 (MQ=255) tGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCgtgggtg < 1:2020568/148‑1 (MQ=255) tGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCgtgggtg < 1:2050250/148‑1 (MQ=255) tGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCgtgggtg < 2:2427134/148‑1 (MQ=255) aCCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGggtggt > 1:2682961/1‑148 (MQ=255) gTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGaaa < 2:2195870/148‑1 (MQ=255) gTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGaaa > 2:1289793/1‑148 (MQ=255) 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cTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGc < 2:341761/148‑1 (MQ=255) cTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACAGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGc > 2:3293230/1‑148 (MQ=255) gATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCg < 1:679177/148‑1 (MQ=255) cGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTg > 2:1427697/1‑148 (MQ=255) gCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGGAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGc < 2:1311804/148‑1 (MQ=255) 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aGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCa < 2:3227085/148‑1 (MQ=255) gATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAAtt < 2:2308944/148‑1 (MQ=255) aTTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACAGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAAttt > 2:668603/1‑148 (MQ=255) ttGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTg > 1:508228/1‑148 (MQ=255) ttGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTg > 1:508276/1‑148 (MQ=255) ttGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTg < 1:1427697/148‑1 (MQ=255) tGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCa < 2:3187388/148‑1 (MQ=255) gAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCaa < 2:1652423/148‑1 (MQ=255) gAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACAGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCaa > 1:2421625/1‑148 (MQ=255) aaGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAAt < 1:365052/148‑1 (MQ=255) 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cGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACTGACCGAGCGTg > 1:2414730/1‑148 (MQ=255) | TTTGACGGCGTGCTGGCAAGCGAACTGGCTGACCCGCAGTTGTACAAAACCTTCACTGATGCCGCTGAAGTGATTGGTGAAGCGTGGGAAAGCCGTGAATTTGGTAAAGCCGTGCGCGAAATCATGGCGCTGGCTGATCTGGCTAACCGCTATGTCGATGAACAGGCTCCGTGGGTGGTGGCGAAACAGGAAGGCCGCGATGCCGACCTGCAGGCAATTTGCTCAATGGGCATCAACCTGTTCCGCGTGCTGATGACTTACCTGAAGCCGGTACTGCCGAAACTGACCGAGCGTG > CP009273/2188991‑2189285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |