Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,231,230 | C→A | 13.7% | M1M (ATG→ATT) † | mglC ← | methyl‑galactoside transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,231,230 | 0 | C | A | 13.7% | 584.4 / 46.2 | 182 | M1M (ATG→ATT) † | mglC | methyl‑galactoside transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (90/67); new base A (15/10); total (105/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
CGATGACTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTATCCCTAACAACTCAGGCATTTCA > CP009273/2231083‑2231377 | cGATGACTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTc < 2:1274104/148‑1 (MQ=255) cGATGACTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTc < 2:1273944/148‑1 (MQ=255) aTGACTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCAt > 1:2092559/1‑148 (MQ=255) 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cTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTaaa > 2:1654884/1‑148 (MQ=255) tAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAgg > 2:2350900/1‑148 (MQ=255) tAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAgg > 1:98274/1‑148 (MQ=255) aaGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTAATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGt > 1:2998131/1‑148 (MQ=255) cAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTAATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCaaa > 1:2346125/1‑148 (MQ=255) 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tttAACGCACTAATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTATCCCTAACAACt < 1:2371845/148‑1 (MQ=255) ttAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTATCCCTAACAACTc > 2:2695957/1‑148 (MQ=255) ttAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTATCCCTAACAACTc > 1:3263095/1‑148 (MQ=255) aaCGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTATCCCTAACAACTCAg > 2:2873269/1‑148 (MQ=255) gCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTATCCCTAACAACTCAGGCa < 1:2924178/148‑1 (MQ=255) 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aCTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTATCCCTAACAACTCAGGCAtt < 2:64726/148‑1 (MQ=255) tCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTATCCCTAACAACTCAGGCATTTc < 1:2964261/148‑1 (MQ=255) | CGATGACTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTATCCCTAACAACTCAGGCATTTCA > CP009273/2231083‑2231377 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |