| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,232,717 | C→A | 16.2% | G18C (GGT→TGT) | mglA ← | fused methyl‑galactoside transporter subunits of ABC superfamily: ATP‑binding components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,232,717 | 0 | C | A | 16.2% | 564.7 / 64.6 | 195 | G18C (GGT→TGT) | mglA | fused methyl‑galactoside transporter subunits of ABC superfamily: ATP‑binding components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/95); new base A (10/22); total (78/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TCTTTTTGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTCGATTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTGTCTTTAT > CP009273/2232572‑2232863 | tttttGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTCGATTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTc > 2:143843/1‑148 (MQ=255) ttttGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTCGATTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCa > 1:1668634/1‑148 (MQ=255) tttGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTCGATTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCAt < 1:210627/148‑1 (MQ=255) tGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTCGATTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCAttt < 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ccTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGTGCTGTCC‑AAATAATTTTACCTTGTTTGCCCTACAATAAGGGCGCCGTAAAATACTGCGCCCCATCCGTCTTAttt > 1:2539130/1‑148 (MQ=255) cTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTc < 1:2436604/148‑1 (MQ=255) ttAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTCt < 1:790458/148‑1 (MQ=255) aaCACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTCTTg < 2:3033240/148‑1 (MQ=255) aaCACCAGGAAAGGACTTGTTGAGACCGCTCATTTCCAACACGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTCTTg < 2:1097958/148‑1 (MQ=255) acacCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTTTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATATACAGCGCCCAATCAGTCTTATTTCtttc > 2:344509/1‑146 (MQ=255) ccAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGTCC‑ATATAATTTTTCCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTCTTTCTGa > 1:2182638/1‑148 (MQ=255) cAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGTGCTGACC‑ATATAATTTTTACTTGTTGGCCCTAAAAAAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCCATCAGTCTTATTTATTTCTGaa > 1:2579054/1‑148 (MQ=255) ggAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCGTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTTTTTATTGCTGaaat > 2:1331496/1‑146 (MQ=255) gAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTAACTTTTTTGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTATTGCTGAATTc > 2:837103/1‑148 (MQ=255) aGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑CTATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCCGTAATAGACTGCGCCCACACAGTCTTATTTCTTGCTGAATTCAGc > 2:2333789/1‑148 (MQ=255) ggACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGAAAGCGCCCAATCAGTCTTATTTCTTGCTGAATTCAGcc > 1:1112050/1‑148 (MQ=255) gACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCa < 2:2538769/148‑1 (MQ=255) cTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAgg < 2:907366/148‑1 (MQ=255) tgATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTGTc < 2:2529751/148‑1 (MQ=255) gATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTATTATTTCTTGCTGAATTAAGCCAGGTTGTCt < 2:3185883/148‑1 (MQ=255) | TCTTTTTGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTCGATTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACC‑ATATAATTTTACCTTGTTGGCCATACAATAAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGTCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTGTCTTTAT > CP009273/2232572‑2232863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |