| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,318,825 | G→T | 88.2% | V197V (GTG→GTT) | atoE → | short chain fatty acid transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,318,825 | 0 | G | T | 88.2% | 415.9 / 51.3 | 168 | V197V (GTG→GTT) | atoE | short chain fatty acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/9); new base T (76/72); total (87/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTGATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAGCCGCATT > CP009273/2318680‑2318969 | gTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCAtt < 2:1407882/148‑1 (MQ=255) ggcggcTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTa < 1:2692272/148‑1 (MQ=255) cggcTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATc > 2:1487513/1‑148 (MQ=255) cggcTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATc > 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acacCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACgtgg < 2:1751802/148‑1 (MQ=255) acacCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACgtgg > 1:828713/1‑148 (MQ=255) cacCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACgtggt < 2:498704/148‑1 (MQ=255) cacCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACgtggt < 1:1374218/148‑1 (MQ=255) ccGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGa < 2:3263754/148‑1 (MQ=255) 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cATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCccacca > 1:1608797/1‑148 (MQ=255) tttCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATcc > 2:3242974/1‑148 (MQ=255) atcaCTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGc > 2:3203105/1‑148 (MQ=255) caCTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGa > 1:2898773/1‑148 (MQ=255) caCTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGa > 1:2898790/1‑148 (MQ=255) caCTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGa > 2:1222218/1‑148 (MQ=255) aCTGTGGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGAc < 1:76984/148‑1 (MQ=255) tgtgGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTg > 1:1278009/1‑148 (MQ=255) tgtgGCGTTGATTGTGGTGATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTg > 1:2564631/1‑148 (MQ=255) gtgGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTgg > 1:925548/1‑148 (MQ=255) gtgGCGTTGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTgg > 1:930214/1‑148 (MQ=255) tGATTGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAg < 2:1274592/148‑1 (MQ=255) ttGTGGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAGCCg > 1:1329312/1‑148 (MQ=255) tgtgGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAGCCGc > 2:3295338/1‑148 (MQ=255) tgtgGTTATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAGCCGc > 2:1659375/1‑148 (MQ=255) gtggttATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAGCCGCa < 1:743728/148‑1 (MQ=255) | CCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTGATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAGCCGCATT > CP009273/2318680‑2318969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |