| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,376,959 | C→T | 89.8% | N256N (AAC→AAT) | elaD → | protease, capable of cleaving an AMC‑ubiquitin model substrate |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,376,959 | 0 | C | T | 89.8% | 728.2 / 63.4 | 244 | N256N (AAC→AAT) | elaD | protease, capable of cleaving an AMC‑ubiquitin model substrate |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/11); new base T (132/87); total (146/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATC > CP009273/2376815‑2377104 | aaaaTATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAATTCAtt > 1:2794593/1‑148 (MQ=255) aaaaTATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAATTCAtt > 2:61382/1‑148 (MQ=255) atatTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAATTCATTGCg < 2:3015725/148‑1 (MQ=255) atTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAATTCATTGCGTg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |