| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,407,678 | T→A | 9.1% | S244T (TCT→ACT) | ackA → | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,407,678 | 0 | T | A | 9.1% | 654.7 / 45.2 | 218 | S244T (TCT→ACT) | ackA | acetate kinase A and propionate kinase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (94/104); new base A (10/10); total (104/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
AAAATGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACT > CP009273/2407531‑2407825 | aTGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTg > 2:897284/1‑148 (MQ=255) cTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTg < 1:1300261/148‑1 (MQ=255) aaCAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGata > 1:639192/1‑148 (MQ=255) aCAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGatat < 1:1781998/148‑1 (MQ=255) aCAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGACATGGGTACCCGTTCTGGTGatat < 2:2924740/148‑1 (MQ=255) aaCCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGa < 1:1068398/148‑1 (MQ=255) aaCCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGa > 1:967971/1‑148 (MQ=255) aCCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCGGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGAt < 2:3282416/148‑1 (MQ=255) ccGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATc > 1:1362406/1‑148 (MQ=255) agaagaACTGAAAATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCg > 2:1394335/1‑148 (MQ=255) gaagaaCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGa < 1:2241302/148‑1 (MQ=255) gaagaaCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGa > 2:2085250/1‑148 (MQ=255) gaagaaCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCACTATGGGCCTGACCCCGCTGGACGGGCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGa > 1:1729504/1‑148 (MQ=255) aagcaCTGAACATCCTCCCCTGCCCGCTGGGCAACGGTGGGTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTCTGGGCCTGACCCCGCGGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGat < 2:1694326/148‑1 (MQ=255) gaaCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGatca > 2:1342188/1‑148 (MQ=255) gaaCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGatca > 1:665597/1‑148 (MQ=255) gaaCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGatca > 2:1794561/1‑148 (MQ=255) gaaCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGGTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGGACTGGTGATATCGATCCGGCGatca > 2:2500573/1‑148 (MQ=255) aCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGatcatc < 1:91709/148‑1 (MQ=255) aCTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGatcatc > 2:2827930/1‑148 (MQ=255) cTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCt < 1:548630/148‑1 (MQ=255) cTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCt < 1:2968237/148‑1 (MQ=255) gAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTc > 2:2180613/1‑148 (MQ=255) aCATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCCTGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCa > 1:2062172/1‑148 (MQ=255) tcatcaCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCt > 1:1187574/1‑148 (MQ=255) tcatcaCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCt > 1:1187185/1‑148 (MQ=255) tcatcaCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCt > 2:419101/1‑148 (MQ=255) catcaCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTg > 2:2882640/1‑148 (MQ=255) caCCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCAc > 2:2627356/1‑148 (MQ=255) ccTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGa > 1:1478992/1‑148 (MQ=255) ccTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGa < 2:2517705/148‑1 (MQ=255) gCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGacac > 1:1408588/1‑148 (MQ=255) aCCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGatc > 1:3219334/1‑125 (MQ=255) aCCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGatc < 2:3219334/125‑1 (MQ=255) aCCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCt < 1:775351/148‑1 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tGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATATTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGATCGTTGACGCAATcaac < 2:578918/148‑1 (MQ=255) cTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATcaacaa < 1:1283846/148‑1 (MQ=255) cTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATcaacaa < 1:2927526/148‑1 (MQ=255) tATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGTGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACaaa < 2:230142/148‑1 (MQ=255) tATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACaaa < 2:2099401/148‑1 (MQ=255) 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aCCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAg < 2:665597/148‑1 (MQ=255) cccGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTg > 1:2351931/1‑148 (MQ=255) ccGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGa < 1:2471019/148‑1 (MQ=255) gCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGAcc < 2:1486409/148‑1 (MQ=255) gAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCg < 1:2118275/148‑1 (MQ=255) 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tCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGc > 1:2066963/1‑148 (MQ=255) tGGGTACCCGTACTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGt > 2:2181362/1‑148 (MQ=255) gggTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGtt > 2:2454212/1‑148 (MQ=255) cccGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGa < 1:1652722/148‑1 (MQ=255) cccGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGa < 2:967971/148‑1 (MQ=255) | AAAATGCTGAACAAACCGGTAGAAGAACTGAACATCATCACCTGCCACCTGGGCAACGGTGGTTCCGTTTCTGCTATCCGCAACGGTAAATGCGTTGACACCTCTATGGGCCTGACCCCGCTGGAAGGTCTGGTCATGGGTACCCGTTCTGGTGATATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACT > CP009273/2407531‑2407825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |