Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,437,156 | G→T | 17.1% | P638P (CCG→CCT) | mnmC → | fused 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine‑forming enzyme methyltransferase and FAD‑dependent demodification enzyme |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,437,156 | 0 | G | T | 17.1% | 528.6 / 63.0 | 179 | P638P (CCG→CCT) | mnmC | fused 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine‑forming enzyme methyltransferase and FAD‑dependent demodification enzyme |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/85); new base T (11/20); total (74/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
ATATGCGTCGTTGGCGGAGCAGAAAGATGAGGCGGTAAGCGCGCCGGTTTTTGACGATCTCTTTATGTTTGCGGCTTTAGGTTCTCGCGGTTTGTGTTCTGCCCCGCTGTGTGCCGAGATTCTGGCGGCGCAGATGAGCGACGAACCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTAC > CP009273/2437009‑2437301 | tatGCGTCGTTGGCGGAGCAGAAAGATGAGGCGGTAAGCGCGCCGGTTTTTGACGATCTCTTTATGTTTGCGGCTTTAGGTTCTCGCGGTTTGTGTTCTGCCCCGCTGTGTGCCGAGATTCTGGCGGCGCAGATGAGCGACGAACCGa < 1:1016135/148‑1 (MQ=255) atGCGTCGTTGGCGGAGCAGAAAGATGAGGCGGTAAGCGCGCCGGTTTTTGACGATCTCTTTATGTTTGCGGCTTTAGGTTCTCGCGGTTTGTGTTCTGCCCCGCTGTGTGCCGAGATTCTGGCGGCGCAGATGAGCGACGAACCGAt < 1:599463/148‑1 (MQ=255) gCGTCGTTGGCGGAGCAGAAAGATGAGGCGGTAAGCGCGCCGGTTTTTGACGATCTCTTTATGTTTGCGGCTTTAGGTTCTCGCGGTTTGTGTTCTGCCCCGCTGTGTGCCGAGATTCTGGCGGCGCAGATGAGCGACGAACCGATTc < 1:1770611/148‑1 (MQ=255) cgtcgtTGGCGGAGCAGAAAGATGAGGCGGTAAGCGCGGCGGTTTTTGACGATCTCTTTATGTTTGCGGCTTTAGGTTCTCGCGGTTTGTGTTCTGCCCCGCTGTGTGCCGAGATTCTGGCGGCGCAGATGAGCGACGAACCGATTcc < 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ggcggcGCAGATGAGCGACGAACCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGGTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATgcggc > 1:847628/1‑148 (MQ=255) cgcAGATGAGCGACGAACCTATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGaa > 2:443015/1‑148 (MQ=255) gATGAGCGACGAACCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGcc < 1:2704523/148‑1 (MQ=255) gATGAGCGACGAACCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGcc < 1:2395689/148‑1 (MQ=255) gATGAGCGACGAACCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGcc < 1:2704662/148‑1 (MQ=255) gATGAGCGACGAACCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGcc < 1:1554574/148‑1 (MQ=255) aTGAGCGACGAACCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCt < 1:2517380/148‑1 (MQ=255) aTGAGCGACGAACCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCt < 1:2912938/148‑1 (MQ=255) tGAGCGACGAACCTATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCtt < 1:2759733/148‑1 (MQ=255) tGAGCGACGAACCTATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCtt < 2:36018/148‑1 (MQ=255) tGAGCGACGAACCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCtt < 2:3209102/148‑1 (MQ=255) gAGCGACGAACCTATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTa < 2:2991951/148‑1 (MQ=255) aGCGACGAACCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTAt < 2:1997186/148‑1 (MQ=255) aCCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTa > 1:3304448/1‑148 (MQ=255) aCCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTa < 2:1598697/148‑1 (MQ=255) ccGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGGTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTAc > 1:3061173/1‑148 (MQ=255) | ATATGCGTCGTTGGCGGAGCAGAAAGATGAGGCGGTAAGCGCGCCGGTTTTTGACGATCTCTTTATGTTTGCGGCTTTAGGTTCTCGCGGTTTGTGTTCTGCCCCGCTGTGTGCCGAGATTCTGGCGGCGCAGATGAGCGACGAACCGATTCCGATGGATGCCAGTACGCTGGCGGCGTTAAACCCGAATCGGTTATGGGTGCGGAAATTGTTGAAGGGTAAAGCGGTTAAGGCGGGGTAATCTGCTCTCGCAGTGTTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTAC > CP009273/2437009‑2437301 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |