| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,442,770 | A→C | 8.9% | D253E (GAT→GAG) | yfcO ← | DUF2544 family putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 2,442,770 | 0 | A | C | 8.9% | 511.3 / 43.2 | 199 | D253E (GAT→GAG) | yfcO | DUF2544 family putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (89/92); new base C (14/4); total (103/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
GGAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAACACGCACGACCATATCGTGTAACTGTTTGTCCGTTATAGGGTGTCGATTTGGCGTGACCGAGACTTCCGCCTTGTCACATCCCGACGCGGTAAAAGTTATCATCTGTGCAACCCAGCGGCAGTAACCACCTGTTTCATTCAT > CP009273/2442624‑2442916 | gAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCCGGGGCGCATGCCCCGGCCTGGTGTATCTAATGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAACTAGAATCGAGTGGCTGCATACTGCTGGTAta > 1:857639/1‑147 (MQ=255) gAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGCACCGGCACGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATc > 1:379310/1‑148 (MQ=255) gAGTTGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATc > 2:2781868/1‑148 (MQ=255) ttGCCCTGAGGAGTTGAGCGCGTTGCGCCAGGTACGGGTAATGGCAGGGGCGAATGCCCCTGCCTGGTGTATCTAAGGGCTACAACTCATTCAGTATGTACTGGAACCGGCAAGTAGAATCGATTGGCTGCATACTGCTGGTATCAac < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |