| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,448,088 | G→T | 5.1% | pseudogene (393/2646 nt) | yfcU ← | pseudogene, FimD fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,448,088 | 0 | G | T | 5.1% | 777.1 / 12.2 | 203 | pseudogene (393/2646 nt) | yfcU | pseudogene, FimD fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (114/78); new base T (6/5); total (120/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
CAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCCATCATCCCAACGAGAAGGTGGATCCCAGTCGGGCCAGGTATATTCGAGGTAAGCCTGCGGTAGTGAAATGACTAATGCGGACTGGCTTAAATCAGCCTTAATTTCCACGCCTTCCAGTTGACCGGGCTTCAGGCATTTACCATCGTGGCTCCATTGCAGATTTTTCGCCACGTCTTCTTTTAAACCAAACTGCGCCACCAGTTCCGGTGTCAGACAAGCATAGCTTTTGCTAACGTCATCTTCACCAGCATA > CP009273/2447943‑2448231 | aGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCCATCATCCCAACGAGAAGGTGGATCCCAGTCGGGCCAGGTATATTCGAGGTAAGCCTGCGGTAGTGAAATGACTAATGCGGACTGGCTTAAATCAGCCTTAATTTCCACGCCt < 2:319323/148‑1 (MQ=255) gTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCCATCATCCCAACGAGAAGGTGGATCCCAGTCGGGCCAGGTATATTCGAGGTAAGCCTGCGGTAGTGAAATGACTAATGCGGACTGGCTTAAATCAGCCTTAATTTCCACGCCtt < 1:2642973/148‑1 (MQ=255) tGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCCATCATCCCAACGAGAAGGTGGATCCCAGTCGGGCCAGGTATATTCGAGGTAAGCCTGCGGTAGTGAAATGACTAATGCGGACTGGCTTAAATCAGCCTTAATTTCCACGCCTTc > 2:173317/1‑148 (MQ=255) gATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCCATCATCCCAACGAGAAGGTGGATCCCAGTCGGGCCAGGTATATTCGAGGTAAGCCTGCGGTAGTGAAATGACTAATGCGGACTGGCTTAAATCAGCCTTAATTTCCACGCCTTcc < 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ccACGCCTTCCAGTTGACCGGGCTTCAGGCATTTACCATCGTGGCTCCATTGCAGATTTTTCGCCACGTCTTCTTTTAAACCAAACTGCGCCACCAGTTCCGGTGTCAGACAAGCATAGCTTTTGCTAACGTCATCTTCACCAGCATa > 2:718942/1‑148 (MQ=255) | CAGTGATGCTGTAGTCCGCAATGATCCCGGAGATGCCATCATCCCAACGAGAAGGTGGATCCCAGTCGGGCCAGGTATATTCGAGGTAAGCCTGCGGTAGTGAAATGACTAATGCGGACTGGCTTAAATCAGCCTTAATTTCCACGCCTTCCAGTTGACCGGGCTTCAGGCATTTACCATCGTGGCTCCATTGCAGATTTTTCGCCACGTCTTCTTTTAAACCAAACTGCGCCACCAGTTCCGGTGTCAGACAAGCATAGCTTTTGCTAACGTCATCTTCACCAGCATA > CP009273/2447943‑2448231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |