Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,463,910 | G→T | 19.1% | R434I (AGA→ATA) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,463,910 | 0 | G | T | 19.1% | 413.7 / 7.8 | 179 | R434I (AGA→ATA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/91); new base T (16/11); total (77/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCC > CP009273/2463766‑2464056 | ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaaa < 1:129221/148‑1 (MQ=255) ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGaaa < 1:3239096/148‑1 (MQ=255) tctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTTATTTATAAAAAAAataaaataaaa > 2:657477/1‑147 (MQ=255) 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ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:744575/1‑148 (MQ=255) atTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:638699/148‑1 (MQ=255) atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 2:2417141/148‑1 (MQ=255) atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:2812859/1‑148 (MQ=255) atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:2230094/1‑148 (MQ=255) atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 2:2178949/148‑1 (MQ=255) atTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:822282/148‑1 (MQ=255) cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg > 1:2919492/1‑148 (MQ=255) aaGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc > 1:272359/1‑148 (MQ=255) aaGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGcc < 1:736745/148‑1 (MQ=255) aGAAATCAAGACAATCGCGATG‑TAAAGCACTATGTTTAAATTGCGCGCCATTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 1:2598078/148‑1 (MQ=255) aGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGccc < 1:1541886/148‑1 (MQ=255) | CTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGT‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATG‑TAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCC > CP009273/2463766‑2464056 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |