Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,466,111 | T→A | 5.6% | N84Y (AAT→TAT) | yfdN ← | CPS‑53 (KpLE1) prophage; uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,466,111 | 0 | T | A | 5.6% | 555.2 / 18.7 | 179 | N84Y (AAT→TAT) | yfdN | CPS‑53 (KpLE1) prophage; uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/94); new base A (4/6); total (79/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
TGTTTCGTTCTGGCTGGGAGTGGCTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGAACTGGTTGTGGTTCCGGATCCTGCGCTCTCTCAGTCAGGCGCGGGAAATGTCTGTGTGTATCTCCTTCACAACGGTGAGCCACACGCCCACTCTGACGTAACTTGCTTGCTGACTGCAGAACGCG > CP009273/2465964‑2466258 | ttCGTTCTGGCTGGGAGTGGCTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGGCAGGCCCAAAATCACCCGCGGGGCGTTAGTGCCGACCGAGAAATTgcg > 2:1759583/1‑148 (MQ=255) tCGTTCTGGCTGGGAGTGGCTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTgcgc > 2:257047/1‑148 (MQ=255) tCGTTCTGGCTGGGAGTGGCTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTgcgc < 1:2518517/148‑1 (MQ=255) tCGTTCTGGCTGGGAGAGGCTTTAAAGGAATGCCGCCAACCACAACGATGAAGCACCACGGTATAAGCCCCTGGACTCCACTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAACTCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATACAAATTgagc > 2:1860895/1‑148 (MQ=255) gTTCTGGCTGGGAGTGGCTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGcac < 2:2538472/148‑1 (MQ=255) ggAGTGGCTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCCCAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGtt > 2:1677531/1‑148 (MQ=255) gAGTGGCTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGttt < 1:1018215/148‑1 (MQ=255) gCTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGa < 2:2866170/148‑1 (MQ=255) gCTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGa < 2:444731/148‑1 (MQ=255) cTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGaa > 2:846609/1‑148 (MQ=255) cTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGaa < 2:1916825/148‑1 (MQ=255) cTTTCACGGAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGaa < 2:1388007/148‑1 (MQ=255) gAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGAACTGGTtgt > 1:1713483/1‑148 (MQ=255) gAATGCCGCCATCCACACCGTTGCAGCACGACGGTATAAGCCCCTGGACTCCAGGTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGAACTGGTtgt < 2:571042/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |