Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,476,524 | T→A | 100% | N99Y (AAT→TAT) | emrK ← | EmrKY‑TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,476,524 | 0 | T | A | 95.1% | 623.4 / 18.2 | 202 | N99Y (AAT→TAT) | emrK | EmrKY‑TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/5); new base A (107/85); total (112/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
AACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATTTTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCATTCCCCGTGAC > CP009273/2476378‑2476671 | aaCCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTAttt < 2:1556397/148‑1 (MQ=255) aaCCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTAttt > 2:1104653/1‑148 (MQ=255) cccccTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTAtattt < 1:2597362/148‑1 (MQ=255) cccccTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTAtattt < 2:540556/148‑1 (MQ=255) ccccTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTa < 1:866945/148‑1 (MQ=255) cTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCt < 1:1339855/148‑1 (MQ=255) gCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCttt > 2:2631382/1‑148 (MQ=255) gCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTAGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCttt < 1:701082/148‑1 (MQ=255) cTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTa < 2:1252249/148‑1 (MQ=255) aaCGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTg > 1:1743229/1‑148 (MQ=255) aaCGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTg > 1:68091/1‑148 (MQ=255) cACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATa < 1:545959/148‑1 (MQ=255) aCTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAg < 2:680870/148‑1 (MQ=255) tCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATTTTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTg < 1:1442058/148‑1 (MQ=255) 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tataATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGt > 1:3128457/1‑148 (MQ=255) ataATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGtt < 2:3213426/148‑1 (MQ=255) tcttctAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTAt < 1:2721157/148‑1 (MQ=255) cttctAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATTTTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATc > 2:1140874/1‑148 (MQ=255) aaGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGa > 2:2755861/1‑148 (MQ=255) 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tatTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATc > 1:632621/1‑148 (MQ=255) atTTGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCt > 1:2559548/1‑148 (MQ=255) tttGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTg > 1:2630451/1‑148 (MQ=255) tttGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTg > 2:1666298/1‑148 (MQ=255) ttGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGc < 1:2501758/148‑1 (MQ=255) ttGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGc > 2:2800517/1‑148 (MQ=255) ttGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGc > 2:2698874/1‑148 (MQ=255) ttGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGc > 2:1894726/1‑148 (MQ=255) ttGCCAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGc < 2:192532/148‑1 (MQ=255) cAGATTATATTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCATTc > 1:1372408/1‑148 (MQ=255) ttttAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCATTCCCCGTGAc > 2:1214524/1‑148 (MQ=255) | AACCCCCTGCTTCGCTAACGGCACTCGACGGTTATAATCTTCTAAAGATTGTTGATACTGAATACGTGCTGAAGCGACTTCGGCACTGTATTGTTTATCCTGTAAGTATAGTTTATTCGTTTGCCGAACAATATTTGCCAGATTATTTTTAGCTTTATTGAGTGCGATAGTGGCATCAGTTTTATCCAGTGAAACTAAAATGTCACCTTGTCGAACGTAGTTCGTATCTTTATGATTAACGACAGTGACACTACCTGAGACTTGTGCAGAAATTGGATCTGCATTCCCCGTGAC > CP009273/2476378‑2476671 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |