Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 234,985 | A→T | 12.1% | I80N (ATC→AAC) ‡ | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 234,985 | 0 | A | T | 12.1% | 534.3 / 12.4 | 225 | I80N (ATC→AAC) ‡ | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (92/102); new base T (26/4); total (119/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TTATTACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCG > CP009273/234838‑235131 | ttattaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGa < 2:2621454/148‑1 (MQ=255) ttattaCCGCAGGGGTAATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGa < 2:2241729/148‑1 (MQ=255) ttaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTttatta > 2:1131599/1‑148 (MQ=255) ttaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTa < 2:739464/148‑1 (MQ=255) taCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTaa > 1:2570540/1‑148 (MQ=255) aCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAg > 2:678094/1‑148 (MQ=255) aGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGa < 1:245988/148‑1 (MQ=255) aGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGATTAAGAAtta > 1:1239997/1‑146 (MQ=255) gggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTTATAAAGAtt > 1:2353323/1‑148 (MQ=255) gTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAtttt < 1:1664732/148‑1 (MQ=255) aTAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatt < 1:3303573/148‑1 (MQ=255) aTAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatt < 1:2952632/148‑1 (MQ=255) aTAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatt > 1:2932033/1‑148 (MQ=255) aTAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatt < 2:3016334/148‑1 (MQ=255) aTAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatt < 1:141898/148‑1 (MQ=255) tATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaag > 2:1849625/1‑148 (MQ=255) aTTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCttaagt > 2:611507/1‑148 (MQ=255) aTTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaagt > 2:2558832/1‑148 (MQ=255) aTTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaagt > 2:611552/1‑148 (MQ=255) aCATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTaaaa > 1:630131/1‑148 (MQ=255) tatCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTa < 2:460429/148‑1 (MQ=255) atCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAc < 2:1221166/148‑1 (MQ=255) ccTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAt > 2:1548192/1‑148 (MQ=255) ccTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACAt > 2:439401/1‑148 (MQ=255) cTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATg < 2:2314433/148‑1 (MQ=255) gtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGaa < 2:3175494/148‑1 (MQ=255) tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAATAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAAATAAATTaaa > 1:405232/1‑147 (MQ=255) tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAat < 2:1240538/148‑1 (MQ=255) gACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAata < 1:1933863/148‑1 (MQ=255) aGGAGCTATAAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATATTATTATAGTAAATAAAAATAAATGAAAATTTaaa > 2:874989/1‑148 (MQ=255) gCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAAATAAATTAAAATTTaaaaatt > 1:1975301/1‑146 (MQ=255) cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGa > 2:2135098/1‑148 (MQ=255) tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaa < 1:719856/148‑1 (MQ=255) aatAAAGGTGCTATTCCGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGTTTATTTAAAAAGGaaa < 2:2038392/146‑1 (MQ=255) aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 1:1629864/148‑1 (MQ=255) aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa > 2:3286497/1‑148 (MQ=255) ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaaa < 2:1158845/148‑1 (MQ=255) aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTTTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACg < 1:488540/148‑1 (MQ=255) aaaGGTGCTATTACGATAGATATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACg < 2:2163989/148‑1 (MQ=255) aGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAATGAAAACGAc > 1:1589728/1‑148 (MQ=255) ggTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATAGTAATTAAAATAAAATTAATATATAAAAAAGAAAAAGACa > 1:377349/1‑148 (MQ=255) ggTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGTATATTTAAAAATGAAAACGACa > 1:1049254/1‑148 (MQ=255) ggTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAAGAATATTTAAAAATGAAAAAGaaa > 1:1050853/1‑146 (MQ=255) atATTACTATATCTATTATTAAAAATTTATGAGTTAGGTTTTTTGTTTTTTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATATTTATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTAAAAAAGGAAAACGACATGaa < 2:689821/147‑1 (MQ=255) tAGATATTATTAAAAATATAAGTTTTAGGTGTATTTTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATGATTTTATTTTCGTATTTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGca < 2:1194679/148‑1 (MQ=255) cttttAGTAAAAATATAAGATTTAGCTTTTTTTTTTTGTCTTTGGCGAAATTGACTACCTTGTTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATCGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAg < 2:1975301/145‑1 (MQ=255) cTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAATGAAAAAGAAATGAAACCGAAGCACAg > 2:1581042/1‑148 (MQ=255) attttattaAAAATTTATGTTTTTGCTTTTTTTTTATTTGTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATAAATATTTTTTTTTTTATCTTAATTAAAATTAATTGAATATTTAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAg < 2:1184600/145‑1 (MQ=255) aTTAGTAAAAATATAATATTTAGCTTTTTTTTTATGTATGTGGATAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGaa < 2:1292111/148‑1 (MQ=255) ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAAATAAATTAATATTTAAAAATGAAAACGACATTAAACCGAAGCACACAAt > 1:2894342/1‑148 (MQ=255) ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAAt > 2:2196448/1‑148 (MQ=255) attAAAAATATAAGAGTTTGGTTTATTGTTATGTCTTTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTTTTATCGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCa < 2:2149400/146‑1 (MQ=255) ataaaataTATATGTTTTAGTTTTATTTTTTTTTGTTTGGCAAAATTTAATAATTTATTTTTTTTTATTAATAATTATTTTTTTATCTTATTTAAATTAAAATTATTATTTAAAAAGGAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCa < 1:2563169/145‑1 (MQ=255) tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATAGTTAATAAAATTAAATTAAAATTTAAAAAATAAAAAGACATTAAAACCAAACACAGAAACaaa > 1:3090046/1‑147 (MQ=255) aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa > 2:546716/1‑148 (MQ=255) aaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAt > 2:642671/1‑148 (MQ=255) atatAAGATTTAGCTTTATTGTTATGTCTGGGGCTAAATTGAGTACATTCGTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATtct < 2:1741660/148‑1 (MQ=255) taAGAGTTAGCTTTATTGTTATGTTTGTGGCGAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAATTTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCa < 1:2117383/148‑1 (MQ=255) agagTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAAAGAATATTTAAAAAGTTAAAAGACATTAAAACGAAGCACAGAATAAACAATATCCAAt > 1:2042760/1‑148 (MQ=255) gTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAAACAACATTCTCCAATCAt > 2:762703/1‑148 (MQ=255) tAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTTTTATAGTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAAACCAAGCAAAGAATAAACATTAAACAAtaataa > 1:2662884/1‑148 (MQ=255) cTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAat < 2:509079/148‑1 (MQ=255) cTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAat > 2:1337662/1‑148 (MQ=255) tGTATTTTTTTTTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTTGTTTTTTTTTTTAATATTTTTTTTTTTATCGTATTTAAATTTACATTAATTTTTAAAATGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAata < 1:1044955/148‑1 (MQ=255) gTATTTTTATTTCTGGGGCGAAATTGACTACATTCTTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATGTTAATAAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAatat < 2:2353323/148‑1 (MQ=255) gTATTTTTATGTTTGTGGCGAAATTGACTACATTCGTTTTTTTGATTAATATTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAatat < 2:538429/148‑1 (MQ=255) tATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGCATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAATCTCCAATAATAAAATAtt > 2:1699258/1‑148 (MQ=255) tttGTTTTTTCTGTGGCTAATTTGAATACCTTCTATTTTTTGATTAATATTTATTTTATTTTCGTATTTAAATTTAATTTAATATTTAAAAATTAAAACGACATGAAACCGAAGCACTTAATCTACATTCTCCAATCATAAAATAttt < 2:3254845/147‑1 (MQ=255) aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTTTTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGTAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATAAAAAATATACAATAAAAAAATAatt > 1:2864215/1‑148 (MQ=255) ttttgtgtgGCTAATTTTACTACCTTCTTTTTTTTTATTAAGATTTATTTTATTATCTTAATTAAATTTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTgg < 1:1874522/143‑1 (MQ=255) gTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACAAGAAAACCAAGCACACAAAAAAAAATATCCAAAAATAAAATATTTACGTGGAg > 1:997188/1‑148 (MQ=255) gTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAAAATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAg > 2:2363931/1‑148 (MQ=255) gTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTATCCAATAATAAAAAATTTACGTGGAg > 2:2577111/1‑148 (MQ=255) tgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGGTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAATAAAACGAAGCACATAAAAAAAAATATCCAATCAAAAAATATTTACGTGGGGCAttt > 2:2485123/1‑148 (MQ=255) ggCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAtttt > 2:1112720/1‑148 (MQ=255) gctaaaTTCACTACCTTGTTTTTTTTTATTAAAATTTTTTTTATTATCTTAATAAAAATAAAATTAATATTAAAAAAGAAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTtta < 1:927912/145‑1 (MQ=255) gCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTtta > 2:1778972/1‑148 (MQ=255) ataaaTTGACTAACTTATTTTTTTTTATTATTAATTTTTTTATTATAGAAATAAAAATTACTTCAATATTTAAAATGAAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttat < 1:928795/146‑1 (MQ=255) taaaTTGACTACCTTCTTTTTTTTTATTAACAATTATTTTATTATCGTATGTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatt < 2:2047474/147‑1 (MQ=255) caaaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATGATTTTATCATCGTAAGAAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatt < 1:3264528/147‑1 (MQ=255) aaaTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTttatta < 2:2366990/148‑1 (MQ=255) ttcacaaCCTTCTTTTTTTTGATTAACAATTTTTTTATTATCTTAATAAAAATTAAATGAATATTAAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTg < 1:179154/142‑1 (MQ=255) ttGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTAAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTg < 1:1849625/148‑1 (MQ=255) gACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTAAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGaa < 2:405232/148‑1 (MQ=255) aCTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTAAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAat < 1:2285064/148‑1 (MQ=255) tACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAatat < 2:1474800/148‑1 (MQ=255) tACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAatat > 2:1293520/1‑148 (MQ=255) aCCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAAATAAAAGAATATTTAAAAATGAAAACGAAATTAAACCGAATCACAGAAACAAAAATATCCAAACAAAAAAAATTTAACTGGAGCAATTTATTATTTAAaata > 2:57204/1‑148 (MQ=255) tattttttttttttATTAATATTTTTTTTATTACCTAAATAAAAATTAAATTAATATAAAAAAATCAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATag < 1:3054878/142‑1 (MQ=255) ccTTCGTGTTTTTGTTTAATAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATTAAATGAATAATTAAAAAGGAAAAAGACAAGAAAACCAAGCACAGAAAAAACATTATACAATAATAAAATAATTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAataaat > 2:280087/1‑145 (MQ=255) ttCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag > 2:375217/1‑148 (MQ=255) tcttttttttGATTAAAAATTATTTTTTAACCTTACTAAAAATTAATTTAATATTAAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 1:3149387/145‑1 (MQ=255) tCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg < 2:2876622/148‑1 (MQ=255) tCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAgg > 2:323277/1‑148 (MQ=255) ttttttttttATTAATAATTTTTTTATTATATTAATTAAAATTAAATTAATATTAAAAAAGAAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 1:597314/146‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTGATTAACAATGATTTTATTATCGTAATAAAAATTACATGAATATTAAAAAAGCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 1:1200418/148‑1 (MQ=255) ttttttTATTAATATTTATTTTATTATATTAATAAAAATTAAATTAATATTAAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTa < 1:312221/148‑1 (MQ=255) tttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTTAATATAGAGGTTTAACt > 1:1167795/1‑148 (MQ=255) taTTAATATTTATTTTATTATCTTAATTAAAATTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCg < 1:2483328/147‑1 (MQ=255) gATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCg > 1:1212280/1‑148 (MQ=255) | TTATTACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCG > CP009273/234838‑235131 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |