| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,504,065 | C→T | 12.7% | G319G (GGC→GGT) | yfeO → | putative ion channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,504,065 | 0 | C | T | 12.7% | 506.8 / 48.0 | 165 | G319G (GGC→GGT) | yfeO | putative ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/75); new base T (13/8); total (82/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTG > CP009273/2503920‑2504211 | tGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCtt < 2:2944376/148‑1 (MQ=255) gggggTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCttt < 1:2645162/148‑1 (MQ=255) gggggTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCttt < 1:88210/148‑1 (MQ=255) gggTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTcg > 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ccAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCt < 2:2004973/148‑1 (MQ=255) cAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCtt > 2:631310/1‑148 (MQ=255) aGTTTCGCTGTTTTAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTc < 2:2801856/148‑1 (MQ=255) tttCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTccc < 2:1969260/148‑1 (MQ=255) tttCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTccc < 2:1946476/148‑1 (MQ=255) 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gaTGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTa > 1:1724490/1‑148 (MQ=255) gaTGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTa > 1:2360505/1‑148 (MQ=255) tGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAgg < 2:3179979/148‑1 (MQ=255) gcagATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTg < 1:2010771/148‑1 (MQ=255) aTGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGGAGTAGGGTTGAtgg > 1:2255605/1‑147 (MQ=255) tggtggCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGAtgct > 1:2982255/1‑148 (MQ=255) tggtggCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGAtgct < 1:2235579/148‑1 (MQ=255) tggCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCa < 1:529925/148‑1 (MQ=255) tCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGGTTGTCGGCGTGGCCTTAGGGTTGATGCTGCATGAGCAc > 2:54263/1‑148 (MQ=255) aGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGt < 1:2343014/148‑1 (MQ=255) 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gCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTg > 1:1667542/1‑148 (MQ=255) | TGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTG > CP009273/2503920‑2504211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |