| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,520,652 | C→A | 100% | I116I (ATC→ATA) | yfeH → | putative inorganic ion transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,520,652 | 0 | C | A | 100.0% | 671.0 / NA | 203 | I116I (ATC→ATA) | yfeH | putative inorganic ion transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (96/107); total (96/107) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
ATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGT > CP009273/2520507‑2520795 | aTTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGc < 1:2801034/148‑1 (MQ=255) tttGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGcc < 2:1084443/148‑1 (MQ=255) tttGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGcc < 1:2700983/148‑1 (MQ=255) ttGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCt > 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ggCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAggg < 1:1027297/148‑1 (MQ=255) tACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCACTGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGc < 1:1655443/148‑1 (MQ=255) tACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGc < 1:953468/148‑1 (MQ=255) ccGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAg > 1:1467146/1‑148 (MQ=255) cGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGc > 1:2568721/1‑148 (MQ=255) 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cTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCa > 2:2281265/1‑148 (MQ=255) | ATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGT > CP009273/2520507‑2520795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |