| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,583,869 | T→A | 7.5% | I972I (ATT→ATA) | acrD → | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,583,869 | 0 | T | A | 7.5% | 651.2 / 33.1 | 210 | I972I (ATT→ATA) | acrD | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/78); new base A (10/6); total (126/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGCGACGCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCGGCGTATTGCCAATGGCAACCAGCACGGGTGCCGGTTCCGGTGGTCAGCATGCGGTGGGTACTGGCGTAATGGGCGGGATGATTTCGGCCACTATTCTGGCTATTTACTTCGTGCCGCTG > CP009273/2583722‑2584016 | ttACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTCTCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGCGACGCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGAtt < 1:2404097/148‑1 (MQ=255)ttACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGCGACGCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGAtt > 1:725613/1‑148 (MQ=255)ttACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGCGACGCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGAtt < 1:510200/148‑1 (MQ=255)ttACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGCGACGCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGAtt < 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tCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCGGCGTATTGCCAATGGCAACCAGCACGGGTGCCGGTTCCGGTGGTCAGCATGCGGTGGGTACTGGCGTAATGGGCGGGATGATTTCGGCCACTATTCTGGCTATTTACTTCGTGCCGCTg > 2:242409/1‑148 (MQ=255) | TTACTTCCAGGTGGGCCTGTTAACGGTCATTGGTTTATCGGCGAAAAACGCCATCCTGATCGTCGAGTTTGCTAACGAGATGAACCAAAAAGGCCACGACCTGTTTGAAGCGACGCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCGGCGTATTGCCAATGGCAACCAGCACGGGTGCCGGTTCCGGTGGTCAGCATGCGGTGGGTACTGGCGTAATGGGCGGGATGATTTCGGCCACTATTCTGGCTATTTACTTCGTGCCGCTG > CP009273/2583722‑2584016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |