Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,594,475 | C→T | 18.9% | intergenic (+168/‑85) | bcp → / → hyfA | peroxiredoxin; thiol peroxidase, thioredoxin‑dependent/hydrogenase 4, 4Fe‑4S subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,594,475 | 0 | C | T | 18.9% | 462.5 / 87.2 | 180 | intergenic (+168/‑85) | bcp/hyfA | peroxiredoxin; thiol peroxidase, thioredoxin‑dependent/hydrogenase 4, 4Fe‑4S subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/87); new base T (11/23); total (70/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TGGCTGCGCTTGCGGCCAGCATACCTCACTTCTCGTGATCAAGATCACATTCTCGCTTTCCCCTGCGACACGGGTGTCGAATCCATTTTTTGCTGAACGTTAATGACCATCATTTTTGTACCGTTCAGAATCCAGTTAATACATAACTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCATCCTTTATGCAATATGAAATGCAATGTTTCATATCATTTTCAAGGAGCCGACATGAACCGCTTTGTGGTGGCCGAACCACTGTGGTGTACAGGATGTAATACCTGTCTCGCTGC > CP009273/2594329‑2594621 | gcgcTTGCGGCCAGCATACCTCACTTCTCGTGATCAAGATCACATTCTCGCTTTCCCCTGCGACACGGGTGTCGAATCCATTTTTTGCTGAACGTTAATGACCATCATTTTTGTACCGTTCAGAATCCAGTTAATACATAACTTATTg > 2:2207622/1‑148 (MQ=255) cgcTTGCGGCCAGCATACCTCACTTCTCGTGATCAAGATCACATTCTCGCTTTCCCCTGCGACACGGGTGTCGAATCCATTTTTTGCTGAACGTTAATGACCATCATTTTTGTACCGTTCAGAATCCAGTTAATACATAACTTATTGa < 2:67279/148‑1 (MQ=255) gcTTGCGGCCAGCATACCTCACTTCTCGTGATCAAGATCACATTCTCGCTTTCCCCTGCGACACGGGTGTCGAATCCATTTTTTGCTGAACGTTAATGACCATCATTTTTGTACCGTTCAGAATCCAGTTAATACATAACTTATTGaa < 1:2279261/148‑1 (MQ=255) cTTGCGGCCAGCATACCTCACTTCTCGTGATCAAGATCACATTCTCGCTTTCCCCTGCGACACGGGTGTCGAATCCATTTTTTGCTGAACGTTAATGACCATCATTTTTGTACCGTTCAGAATCCAGTTAATACATAACTTATTGAat < 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tcGTGATCAAGATCACATTCTCGCTTTCCCCTGCGACACGGGTGTCGAATCCATTTTTTGCTGAACGTTAATGACCATCATTTTTGTACCGTTCAGAATCCAGTTAATACATAACTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCAt > 1:1019067/1‑148 (MQ=255) cGTGATCAAGATCACATTCTCGCTTTCCCCTGCGACACGGGTGTCGAATCCATTTTTTGCTGAACGTTAATGACCATCATTTTTGTACCGTTCAGAATCCAGTTAATACATAACTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCATc < 1:2905197/148‑1 (MQ=255) tGATCAAGATCACATTCTCGCTTTCCCCTGCGACACGGGTGTCGAATCCATTTTTTGCTGAACGTTAATGACCATCATTTTTGTACCGTTCAGAATCCAGTTAATACATAATTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCATCCt < 2:2627278/148‑1 (MQ=255) gATCAAGATCACATTCTCGCTTTCCCCTGCGACACGGGTGTCGAATCCATTTTTTGCTGAACGTTAATGACCATCATTTTTGTACCGTTCAGAATCCAGTTAATACATAACTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCATCCtt < 1:1183272/148‑1 (MQ=255) aTCAAGATCACATTCTCGCTTTCCCCTGCGACACGGGTGTCGAATCCATTTTTTGCTGAACGTTAATGACCATCATTTTTGTACCGTTCAGAATCCAGTTAATACATAATTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCATCCttt < 1:61504/148‑1 (MQ=255) 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aaTACATAACTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCATCCTTTATGCAATATGAAATGCAATGTTTCATATCATTTTCAAGGAGCCGACATGAACCGCTTTGTGGTGGCCGAACCACTGTGGTGTACAGGATGTAATACCTGt < 1:1964095/148‑1 (MQ=255) tACATAACTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCATCCTTTATGCAATATGAAATGCAATGTTTCATATCATTTTCAAGTAGCCGACATGAACAGCTTTGTGGTGGCCGAACCACTGTGGTGTACAGGATGTAATACCTGtct > 2:2473908/1‑148 (MQ=255) tACATAACTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCATCCTTTATGCAATATGAAATGCAATGTTTCATATCATTTTCAAGGAGCCGACATGAACCGCTTTGTGGTGGCCGAACCACTGTGGTGTACAGGATGTAATACCTGtct > 2:2273459/1‑148 (MQ=255) cATAACTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCATCCTTTATGCAATATGAAATGCAATGTTTCATATCATTTTCAAGGAGCCGACATGAACCGCTTTGTGGTGGCCGAACCACTGTGGTGTACAGGATGTAATACCTGTCTCg < 2:1686210/148‑1 (MQ=255) cATAACTTATTGAATATATGGAGTTAATCAGAATGGCATCCTTTATGCAATATGAAATGCAATGTTTCATATCATTTTCAAGGAGCCGACATGAACCGCTTTGTGGTGGCCGAACCACTGTGGTGTACAGGATGTAATACCTGTCTCg < 1:664174/148‑1 (MQ=255) 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aaCTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCATCCTTTATGCAATATGAAATGCAATGTTTCATATCATTTTCAAGGAGCCGACATGAACCGCTTTGTGGTGGCCGAACCACTGTGGTGTACAGGATGTAATACCTGTCTCGCTg > 1:2116147/1‑148 (MQ=255) | TGGCTGCGCTTGCGGCCAGCATACCTCACTTCTCGTGATCAAGATCACATTCTCGCTTTCCCCTGCGACACGGGTGTCGAATCCATTTTTTGCTGAACGTTAATGACCATCATTTTTGTACCGTTCAGAATCCAGTTAATACATAACTTATTGAATATATTGAGTTAATCAGAATGGCATCCTTTATGCAATATGAAATGCAATGTTTCATATCATTTTCAAGGAGCCGACATGAACCGCTTTGTGGTGGCCGAACCACTGTGGTGTACAGGATGTAATACCTGTCTCGCTGC > CP009273/2594329‑2594621 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |