| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,598,312 | C→A | 9.5% | A48E (GCG→GAG) | hyfD → | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,598,312 | 0 | C | A | 9.5% | 611.5 / 25.9 | 180 | A48E (GCG→GAG) | hyfD | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (82/80); new base A (9/9); total (91/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GAATATGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTC > CP009273/2598166‑2598456 | gAATATGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTGGTTTTCG‑CCACAACCGCGGGCCGCCC‑ACAGGGGGGTTTTTTTGGCCGCGCGGTCCCCGCAGTGCATGTTGTCACTGATATCcgcg > 1:392275/1‑148 (MQ=255) atatGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGtt < 1:863063/148‑1 (MQ=255) atatGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAAAGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGTCCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCagcgat > 2:1944169/1‑146 (MQ=255) ggAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTAt > 2:3269653/1‑148 (MQ=255) gAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATc < 1:1339367/148‑1 (MQ=255) gAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATc < 1:1500619/148‑1 (MQ=255) aaaaTCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCGACCAC‑ACCTCGGGCCGCCG‑AACGGGGGGTTTTGTTCGCCCCGCAGACCACGCGGTGCCATTTGTCACTGATCTCCCCGTGTTATCa > 1:1614790/1‑148 (MQ=255) aaaTCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTGGTTTTCG‑CCACAACCTCGGGGCGCCG‑AAAGGGGGGTTTTTTTAGCCGCGCTGACAACGCGGTGCAATTTTTCACAGATATCCGCGGTTTATAAg > 1:3173726/1‑148 (MQ=255) aaTCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAgg > 2:433954/1‑148 (MQ=255) aTCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGc < 1:3224566/148‑1 (MQ=255) aTCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGGTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGc > 2:1376743/1‑148 (MQ=255) ttGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAAACTCCGGCCCCCC‑AAAGGGGGGTTTTGTTCGCCGCCCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACAGATCTCCCCGTTTTATCAGGCCGa > 2:521872/1‑148 (MQ=255) ctctGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATaa < 1:1866724/148‑1 (MQ=255) tctGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATaaa < 1:117663/148‑1 (MQ=255) tctGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATaaa > 2:2697536/1‑148 (MQ=255) ctGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAg < 1:227804/148‑1 (MQ=255) tGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGt < 1:193358/148‑1 (MQ=255) gacgTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTCGTTTTCG‑CCACAACGGCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACCCTGTGCCTGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTTcc > 1:254098/1‑148 (MQ=255) ttATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCa < 1:2132307/148‑1 (MQ=255) tgctgcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑ACTGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacgtt > 2:1898155/1‑148 (MQ=255) tgctgcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGGTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacgtt > 2:1898373/1‑148 (MQ=255) ctgcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacggtga > 2:2142334/1‑148 (MQ=255) ctgcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTAG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACAGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCaccttga > 2:478418/1‑148 (MQ=255) gcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGGTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacgttgacg < 2:1625491/148‑1 (MQ=255) gcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTAG‑CCACAAAGTCGGGCCGCCG‑GATGGGGGGTTTTGTTAGCCGCCCGGACCACGCTGTGCATTGTGTCACTGATATCCGCGTTTTTTCAGGCCGATAAAGTTTCCGTCacgtttaag > 1:1675692/1‑144 (MQ=255) gcCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTGTCGTTTTAG‑CCACAAACTAGGGCCCCCG‑AATTGGGGGTTTTGTTCGCCGCCCAGACCACCCTGTGCAAGTTGTCACAGATCTCCGCGGTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacgatgacc > 2:2784901/1‑147 (MQ=255) ccTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacgttgacgt > 2:1641888/1‑148 (MQ=255) cTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTAG‑CCACAACGTAGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATAAGGCCGATAAATTTTCCGTAacgttgacgat > 2:2988652/1‑146 (MQ=255) ttttATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTAG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTGCGCGGTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCacggtgacggtg > 2:2570922/1‑148 (MQ=255) ttATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGt < 1:1610354/148‑1 (MQ=255) aTCGGCGCACTGGTCGTGTGGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCGAAATGGGGGGTTTT‑TTCGCCGCGCAGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGGTTTATAAGGCCGATAAAGTTTCCGTCACGTTGACGGTGGTCa > 2:1134829/1‑148 (MQ=255) tCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGGTTTATCATGCCGATAAAGTTTCCGTCACGTTGACGTTGGTCaa > 2:740238/1‑148 (MQ=255) tCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AAAGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATAAGGCCGATAAATTTGGCGTCACCTTGACGTTGGTcca > 1:2492555/1‑146 (MQ=255) 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cgcTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTgtggt < 2:576778/148‑1 (MQ=255) cgcTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTGGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTgtggt < 2:678153/148‑1 (MQ=255) cTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTgtggtgg < 1:1898155/148‑1 (MQ=255) gACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGAGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTGTgtggtggtg > 2:2920165/1‑148 (MQ=255) gACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGAGTTTTATCAGGCCGATAAAGGTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTgtggtggtg < 1:282874/148‑1 (MQ=255) 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tgtCACTGATCTCCGAGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCCCGGTGACGTTGGTCAACGGGGGGGATGTGGCGGTGTTTGGCCTGGGCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATGCTGGGTGTGGTGGTGTTTCTCGGGTTGCTGGt > 2:165884/1‑148 (MQ=255) gtCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGGTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTc > 1:2250036/1‑148 (MQ=255) tCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCa > 2:1091839/1‑148 (MQ=255) tCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGGTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCa > 1:1090455/1‑148 (MQ=255) cACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCAc > 1:2453967/1‑148 (MQ=255) cTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGa < 2:287870/148‑1 (MQ=255) gATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATc > 1:516424/1‑148 (MQ=255) gATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGGTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATc > 1:516374/1‑148 (MQ=255) tctcCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTa < 1:62553/148‑1 (MQ=255) tctcCGAGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTa > 1:2872024/1‑148 (MQ=255) tctcCGAGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCGGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTa > 1:2872220/1‑148 (MQ=255) ccGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTc < 1:2703342/148‑1 (MQ=255) | GAATATGGAAAATCTTGCTCTGACGACGTTATTGCTGCCTTTTATCGGCGCACTGGTCGTTTCGTTTTCG‑CCACAACGTCGGGCCGCCG‑AATGGGGGGTTTTGTTCGCCGCGCTGACCACGCTGTGCATGTTGTCACTGATCTCCGCGTTTTATCAGGCCGATAAAGTTGCCGTCACGTTGACGTTGGTCAACGTGGGGGATGTGGCGTTGTTTGGCCTGGTCATTGATCGCGTGAGTACGCTGATTCTGTTTGTGGTGGTGTTTCTCGGTTTGCTGGTCACGATCTACTC > CP009273/2598166‑2598456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |