| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,727,416 | C→A | 83.5% | L39L (CTG→CTT) | clpB ← | protein disaggregation chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,727,416 | 0 | C | A | 83.5% | 430.3 / 99.6 | 205 | L39L (CTG→CTT) | clpB | protein disaggregation chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/21); new base A (93/78); total (106/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.38e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CCAGATCCTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTCAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGATAAATTGGTTGTCGTGCCCGAGTGCAAGTGATTGGGCATCGGCAAGAGCAAGCTGGAATTTATTAGTAAGACGATCCAGACGCATAACTCCTCCCATAACGGATCAAAGTTGC > CP009273/2727271‑2727560 | ccAGATCCTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTaag > 1:2202107/1‑148 (MQ=255) aGATCCTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTaagca < 2:842955/148‑1 (MQ=255) gATCCTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTaagcag > 2:900115/1‑148 (MQ=255) gATCCTGTGATGGCTGGACATCACCACCAGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTaagcag < 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ccaccaGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGtt < 1:913038/148‑1 (MQ=255) caccaGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTc > 1:196166/1‑148 (MQ=255) accaGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCg < 1:2243779/148‑1 (MQ=255) accaGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCg < 1:2508940/148‑1 (MQ=255) caGTACCTTCAACCTGCGGTAAACGATTTAATGCCTGATTGATATCTGTGCGCAACTGGCCAGCATTTATGCCAGCGGATGTTAATAAAGGACTAACCGAACCCCCTTCCTGATTAAGCAGGGCGCTCATTAAATGAAGTGGTTCGAt < 2:2573915/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |