New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 360278 | NA (NA) | 5344 (26.220) +TTAATTAA |
192/258 | NT | 96.9% | intergenic (‑212/+383) | lacZ/lacI | pseudogene, truncated/DNA‑binding transcriptional repressor |
? | CP009273 | = 361823 | 182 (0.840) | coding (831/834 nt) | mhpR | mhp operon transcriptional activator |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
CGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAACGCGCT > CP009273/360136‑360425 | cGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAACTCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGggga < 1:1204355/148‑1 (MQ=17) gCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaa < 1:2191825/148‑1 (MQ=32) gCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaa < 1:2291739/148‑1 (MQ=32) gCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaa < 1:3042292/148‑1 (MQ=32) gCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTACAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaa < 1:1132407/148‑1 (MQ=17) ccACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaat > 2:307082/1‑148 (MQ=33) cTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattggga < 2:3436168/148‑1 (MQ=38) cTCCGGGCCGTTGCTTCGCAAAGTTCAAATACGCTCCCCGCGGATTTTTCCTAATCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAAAACATAAAAAGAAAGGCCCACTATTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTTATGCAAGgggaattaaat > 2:1101461/1‑144 (MQ=11) cTCCGGGCCGGTGCTTCGCAACGTTCAACTCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGgggaattggga < 1:2111502/148‑1 (MQ=255) ggCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGaattaa < 1:492041/148‑1 (MQ=255) cGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTc < 1:1543264/148‑1 (MQ=255) ttGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTGCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAAGTGGGAATTAATTCtt > 2:1640104/1‑148 (MQ=255) tGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGGTTTATTTGATGCCTGGGGAAGTGGGAATTAATTCTTg > 2:292254/1‑148 (MQ=255) ttCGCAACGTACACATCCGCTCCCGGCGGATTTGGCCTACTCACGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAg < 2:3632976/148‑1 (MQ=255) tCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGACTTGGGAATTAATTCTTGAAGa > 1:3483850/1‑148 (MQ=255) aCGTTCAACTCCGCTCCCGGCGTATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACATATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGaaa < 1:803254/148‑1 (MQ=255) aCGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGCATTGGGAATTAATTCTTGAATACGata > 2:2600921/1‑146 (MQ=255) aCGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGACTTGGGAATTAATTCTTGAAGACGaca > 2:2623365/1‑146 (MQ=255) cGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCTTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAg < 1:3314139/148‑1 (MQ=255) 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gCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGAt < 1:2817008/148‑1 (MQ=255) ccGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGc < 1:3396154/148‑1 (MQ=255) gcggATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGACTTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa > 1:1805424/1‑148 (MQ=255) gcggATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTa > 1:1805401/1‑148 (MQ=255) gcggATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGGTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGACAGGGCCTCGTGATACGCCTa > 2:824063/1‑148 (MQ=255) aTTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTAtttt > 1:444391/1‑148 (MQ=255) gTCCTACTCAGGAGAGCTTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGACTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTTGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtata < 1:3039203/148‑1 (MQ=255) gTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTtata < 1:1400993/148‑1 (MQ=255) ccTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAACCAACAGATCACACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAgg < 2:3779744/148‑1 (MQ=255) ccTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGCCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAgg < 1:2934614/148‑1 (MQ=255) aCTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTa < 1:1870189/148‑1 (MQ=255) cTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTaa < 1:307082/148‑1 (MQ=255) ggAGAGCGTTCACCGACAAGCAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTCTTTTTATAGGTTAATGTc > 2:1963243/1‑148 (MQ=255) gagaGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTGTATAGGTTAATGTCa > 2:3413293/1‑148 (MQ=255) gagCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCTACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATg > 2:86825/1‑148 (MQ=255) 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caacaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGAGACGCGTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGTcc > 1:526194/1‑148 (MQ=255) caacaGAAAAAACGAAAGGCCCAGTCATTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGTAATTGGTATTTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCTTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGAcc < 1:2972277/148‑1 (MQ=37) aacaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCa > 2:3579398/1‑148 (MQ=255) aacaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTGATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCa > 2:17966/1‑148 (MQ=255) acaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGATCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAAATGGGAATTAATTAGTGAAGAGGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATGTTTATAGGTTAATGTCATTGGAAGATCCAGCCGACCAg > 2:3579799/1‑148 (MQ=37) acaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAg > 2:1685386/1‑148 (MQ=255) acaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTAGTTGATGCCTGGGGCATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTGTATAGGTTAATGTCAGGGGAAGATCCAGCCGACCAg > 2:486933/1‑148 (MQ=255) acaGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCGTTGGGTTTCTTTGATGCCTGGGGCCTTGGGCATTAATTCTTGTGGACGCAAGGGCCTCGTGGGACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAg > 1:1007528/1‑148 (MQ=25) caGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAgg > 2:1036826/1‑148 (MQ=255) caGATAAAACGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAgg > 2:3102140/1‑148 (MQ=255) 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ttttATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGtt > 1:3224664/1‑148 (MQ=255) tttATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTtc > 2:2744363/1‑148 (MQ=255) tttATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTtc > 2:2690614/1‑148 (MQ=255) tttATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTtc > 2:2237888/1‑148 (MQ=255) tttATTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTtc > 2:2747413/1‑148 (MQ=255) aTTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCg > 1:1720471/1‑148 (MQ=255) aTTTGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGACTATTTTTATAGGTTAATGTCATTGGAAGATCCACCCGACCAGGCATTCAACCCCCGCGTGCAGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTtctag > 1:3793190/1‑146 (MQ=255) tttGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCgg > 2:1602670/1‑148 (MQ=255) tGATGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGaa < 1:610557/148‑1 (MQ=255) tGCCTGGGGAATTGGGAATTAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCCTATTTTTATAGGTTAATGTCATGGGAAGATCCAGCCGACCAGGCTTTCCACGCCCGCGTGCCGCTCCATGTCGTTCGCGCGGTTCTCGGAAAcg > 1:1220645/1‑148 (MQ=255) 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CP009273/360136‑360425 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |