| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3179457 = | NA (NA) | 7 (0.030) | 6/270 | NT | 1.2% | intergenic (+9/‑89) | yqiG/insC1 | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein/IS2 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 3745860 | 575 (2.650) | coding (509/975 nt) | yiaU | putative DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 642 total aligned reads displayed.
TCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAGTAA > CP009273/3745713‑3746007 | tCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATA < 2:835118‑M2/148‑1 (MQ=255)tCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATA > 2:1493480‑M2/1‑148 (MQ=255) cGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAatat > 1:2976014/1‑148 (MQ=255) ggTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATg < 1:1491985/148‑1 (MQ=255) gTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGc < 2:3171543/148‑1 (MQ=255) tGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGcc > 1:1731875/1‑148 (MQ=255) tGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGcc > 1:2435049/1‑148 (MQ=255) tatCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTa > 2:338047/1‑148 (MQ=255) atCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTaa > 1:3086634/1‑148 (MQ=255) ccTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGc > 2:3232497/1‑148 (MQ=255) ccTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGc < 1:1115969/148‑1 (MQ=255) tATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTa < 2:1620514/148‑1 (MQ=255) tATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGATTa > 2:2517936/1‑148 (MQ=255) cGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATgc < 2:1560125/148‑1 (MQ=255) cTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATgcca > 1:2709685/1‑148 (MQ=255) aaaaaCCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATgccagc < 2:2685092/148‑1 (MQ=255) aaaaaCCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATgccagc < 2:1647872/148‑1 (MQ=255) aaaaaCCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATgccagc > 2:201164/1‑148 (MQ=255) 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tGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTgag > 1:537929/1‑148 (MQ=255) gCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGaaa > 2:866750/1‑148 (MQ=255) cGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAAc > 1:3768797/1‑148 (MQ=255) cGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAAc < 1:3676110/148‑1 (MQ=255) agtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatccACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACAt < 2:3350250‑M2/51‑1 (MQ=255) aaTGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATc > 2:655328/1‑148 (MQ=255) tGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATccc > 1:1046366/1‑148 (MQ=255) gCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCa > 1:2271458/1‑148 (MQ=255) gCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCa < 1:1996651/148‑1 (MQ=255) cTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCAtt > 1:3504847/1‑148 (MQ=255) 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aaaGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATcgacg > 1:603274/1‑148 (MQ=255) aaaGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAAGATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATcgacg < 2:819233/148‑1 (MQ=255) aGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCgacgac > 2:3709116/1‑148 (MQ=255) gAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGa < 2:1688136/148‑1 (MQ=255) tCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCACTATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAata < 1:882725/148‑1 (MQ=255) 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taCCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGcc > 1:2233159/1‑148 (MQ=255) ACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCg > 2:2460181‑M2/1‑148 (MQ=255) ACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCg > 2:1212804‑M2/1‑148 (MQ=255) ccAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCggg < 2:2976014/148‑1 (MQ=255) ccAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCggg < 2:2382582/148‑1 (MQ=255) ccAATAAGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACACGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCggg < 2:3485089/148‑1 (MQ=255) cAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGa > 2:3021168/1‑148 (MQ=255) aaTATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAg > 2:2139950/1‑148 (MQ=255) atatGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGCTCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAGt < 2:1157110/148‑1 (MQ=255) atatGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAGt < 2:2806173/148‑1 (MQ=255) atatGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAGt > 1:1711381/1‑148 (MQ=255) atGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAGTaa > 2:1193361/1‑148 (MQ=255) | TCGGTGATATCACCTTATCGCTAAAAACCTGCAATCTTGAGCGTAATGCCTTTTATGAAGGCGTCGAATTTCCTGATGATTGTGATGTTTTAATCAGCTACGCTCCACCAAAAGATGAATCGCTGGTTGCCAGTTTTATTACCCAATATGCCGTAACCGCTTATGCCAGCCAGCGCTATCTTGAGAAACATCCCATTAGCCGTCCTGACGAACTCGAACATCACTCCTGTATTTTGATCGACTCGATGATGATCGACGACGCGAATATCTGGCGCTTCAACGTCGCCGGGAGTAA > CP009273/3745713‑3746007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |