Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 282,483 | C→A | 7.6% | H460N (CAT→AAT) | yagG → | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 282,483 | 0 | C | A | 7.6% | 606.9 / 17.4 | 165 | H460N (CAT→AAT) | yagG | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/75); new base A (4/9); total (81/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTG > CP009273/282336‑282629 | gtgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATccc < 2:1572356/148‑1 (MQ=255) tgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCa < 1:3168526/148‑1 (MQ=255) tgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCa > 2:3513083/1‑148 (MQ=255) tgCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCa > 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gcgGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAatat < 2:1926247/148‑1 (MQ=255) gCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCACTATGGaa > 1:3607547/1‑148 (MQ=255) gCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGaa > 2:2309514/1‑148 (MQ=255) gCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGaa < 1:1304180/148‑1 (MQ=255) gCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGaa < 1:3699524/148‑1 (MQ=255) gCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGaa < 1:3699522/148‑1 (MQ=255) tGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATc < 1:2022688/148‑1 (MQ=255) gTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCa < 2:198015/148‑1 (MQ=255) gTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCa > 2:3559410/1‑148 (MQ=255) gTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCa < 1:1084635/148‑1 (MQ=255) catcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCAATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTa < 2:2578621/148‑1 (MQ=255) atcatGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTaa < 1:1135932/148‑1 (MQ=255) catGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCAATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAAcc > 2:416163/1‑148 (MQ=255) atGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAAccc > 2:2030364/1‑148 (MQ=255) atGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAAccc > 1:350452/1‑148 (MQ=255) tGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCg < 1:2278807/148‑1 (MQ=255) gCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGa < 2:2435738/148‑1 (MQ=255) gCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGa > 2:1205541/1‑148 (MQ=255) cTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGAt < 1:3783099/148‑1 (MQ=255) tGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATa < 1:1015308/148‑1 (MQ=255) 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cGACGCCGCGACAGCCGCATCCAATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCg < 1:1833339/148‑1 (MQ=255) ccgcGACAGCCGCATCCAATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTgcgc < 1:416163/148‑1 (MQ=255) ccgcGACAGCCGCATCCAATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTgcgc < 1:2340088/148‑1 (MQ=255) gcgACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCAt < 2:350452/148‑1 (MQ=255) gACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCt > 1:1825801/1‑148 (MQ=255) aCAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGAGACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTa < 1:3513083/148‑1 (MQ=255) cAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTAc > 1:2460789/1‑148 (MQ=255) gCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCa < 1:1528444/148‑1 (MQ=255) gCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCa < 2:2450554/148‑1 (MQ=255) gCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTc < 2:1402227/148‑1 (MQ=255) 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ccATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTg > 2:2461627/1‑148 (MQ=255) | GTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACCGGCTTCAACCCGGACCCGTCCCTGTGCCGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTG > CP009273/282336‑282629 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |