| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,591,218 | 0 | G | A | 15.5% | 882.5 / 125.1 | 316 | intergenic (‑298/‑126) | livK/panM | leucine transporter subunit/PanD autocleavage accelerator, panothenate synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (130/137); new base A (33/16); total (163/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
TTCAGTCGATTAAGAACAGATAATATTCTGAATTTATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGTTTTAATTTTGTAATTATTGCTGTTAAAAAATTAATCACCTGCCAAAAGAAATAAAAAAGAGAAAGCCTCCGATTAAATTATTTCGCTACACTGGTTCCACTTTTGTGATTTACACGGGTTACCCATGAAGCTGACCATCATTCGA > CP009273/3591071‑3591364 | ttCAGTCGATTAAGAACAGATAATATTCTGAATTTATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATg < 1:2349328/148‑1 (MQ=255)ttCAATCGATTAAGAACAGATAATATTCTGAATTTATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATg < 1:2574844/148‑1 (MQ=255) tCAGTCGATTAAGAACAGATACTATTCTGAATTTATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGGAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGt < 2:2104280/148‑1 (MQ=255) tCAGTCGATTAAGAACAGATAATATTCTGAATTTATTGATAGATAAACAGAAAAAAGTGCCTTTGTCAGCATAAAATAACGGCACAAAGGGCGTAATAATTCACTATCATTCAGGGGATTATGCTGGACATTTTTCATTCTCTAATGt 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |