| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,616,714 | T→G | 15.8% | I1388R (ATA→AGA) | rhsB → | Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,616,714 | 0 | T | G | 15.8% | 855.1 / 183.9 | 398 | I1388R (ATA→AGA) | rhsB | Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (166/169); new base G (33/30); total (199/199) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 403 total aligned reads displayed.
TATCAGCTTATCATACTCATGGTGCAGATAGTCATGGAGAATATTGGGACGAAATATTTTCAGGTAAAGATGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGATAACCACGGGAAGGAAATAACAAACAGAAAAGGATTACCTAATGTCTGCAGAGTTCATGGTAATATGT‑AAAAAAATATTGTTTAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATA > CP009273/3616567‑3616861 | aTCAGCTTATCATACTCATGGTGCAGATAGTCATGGAGAATATTGGGACGAAATATTTTCAGGTAAAGATGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATa > 1:3317626/1‑148 (MQ=255) cAGCTTATCATACTCATGGTGCAGATAGTCATGGAGAATATTGGGACGAAATATTTTCAGGTAAAGATGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGa > 2:1092002/1‑148 (MQ=255) cTTATCATACTCATGGTGCAGATAGTCATGGAGAATATTGGGACGAAATATTTTCAGGTAAAGATGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGATaa > 2:3238032/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |