| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,661,015 | C→A | 8.4% | intergenic (‑75/+136) | gadA ← / ← yhjA | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/putative cytochrome C peroxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,661,015 | 0 | C | A | 8.4% | 765.9 / 2.1 | 273 | intergenic (‑75/+136) | gadA/yhjA | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/putative cytochrome C peroxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (119/118); new base A (2/32); total (121/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
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gCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTAt < 1:3347158/148‑1 (MQ=255) | TAGAAATGGCCTTTGCGCCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCTGAGCGGAAATCCGTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATC > CP009273/3660868‑3661162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |