| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,661,610 | A→T | 100% | F313L (TTT→TTA) | yhjA ← | putative cytochrome C peroxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,661,610 | 0 | A | T | 99.1% | 736.8 / ‑2.6 | 223 | F313L (TTT→TTA) | yhjA | putative cytochrome C peroxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (98/123); total (99/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CGCCGAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCAAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTCAAC > CP009273/3661465‑3661754 | cgccgAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCtaa < 2:2496693/148‑1 (MQ=255) gagaATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCa > 2:2218124/1‑148 (MQ=255) agaATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAg < 2:1456025/148‑1 (MQ=255) agaATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAg < 2:2114124/148‑1 (MQ=255) aataatACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGACTCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCa > 2:2666577/1‑148 (MQ=255) taataCCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAAt > 1:2534152/1‑148 (MQ=255) ataCCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATgg > 2:658682/1‑148 (MQ=255) accaccATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCa > 1:726230/1‑148 (MQ=255) accaccATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCa < 1:286388/148‑1 (MQ=255) caccaTGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATc > 2:3238087/1‑148 (MQ=255) aTGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTa > 1:3702429/1‑148 (MQ=255) aTGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTa < 2:3423494/148‑1 (MQ=255) gACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAat < 1:1595439/148‑1 (MQ=255) gACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAat < 1:9455/148‑1 (MQ=255) aCAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAata < 2:1380913/148‑1 (MQ=255) cAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAatat < 2:2871896/148‑1 (MQ=255) cacaTTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGcc > 1:2981007/1‑148 (MQ=255) acaTTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCa < 2:2735379/148‑1 (MQ=255) acaTTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCa < 2:2735440/148‑1 (MQ=255) 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ttatCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAAc > 1:3326385/1‑148 (MQ=255) atCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCt < 1:478281/148‑1 (MQ=255) tCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTTAAACCtt > 2:2973098/1‑148 (MQ=255) cTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTg > 1:2543157/1‑148 (MQ=255) cTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTAAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTg > 2:659984/1‑148 (MQ=255) aataatTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGAt > 1:1258293/1‑148 (MQ=255) aataatTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGAt < 2:283270/148‑1 (MQ=255) ataatTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAACGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATa > 2:2416959/1‑148 (MQ=255) taatTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAg < 2:467598/148‑1 (MQ=255) ttGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACt > 1:770005/1‑148 (MQ=255) 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cgcATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCt > 2:1857976/1‑148 (MQ=255) cgcATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCt > 2:798973/1‑148 (MQ=255) gcATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCtt < 1:2979424/148‑1 (MQ=255) ttttCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCttttt > 1:2801316/1‑148 (MQ=255) tttCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTc < 1:2425924/148‑1 (MQ=255) 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cGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGcc > 1:3527723/1‑148 (MQ=255) cGGCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGcc > 1:540741/1‑148 (MQ=255) ggCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCa < 2:3669757/148‑1 (MQ=255) gCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCAt > 2:697774/1‑148 (MQ=255) gCGTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCAt < 2:1240116/148‑1 (MQ=255) cGTAATTAATGTTTTCTCAAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCAtt < 2:3483047/148‑1 (MQ=255) gTAATTAATGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCAttt < 2:158747/148‑1 (MQ=255) aattaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCa < 1:2218124/148‑1 (MQ=255) attaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCaa < 1:3297383/148‑1 (MQ=255) attaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCaa < 1:1809216/148‑1 (MQ=255) ttaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAAt > 1:378903/1‑148 (MQ=255) ttaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAAt < 1:491649/148‑1 (MQ=255) ttaatGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAAt > 2:1516440/1‑148 (MQ=255) atGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCgg > 1:3494503/1‑148 (MQ=255) atGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCgg < 1:2031350/148‑1 (MQ=255) atGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCgg > 1:1589883/1‑148 (MQ=255) atGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCACAGGATTTCGACGCCATTTCAATCgg > 2:3733022/1‑148 (MQ=255) tGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCggg < 2:2057062/148‑1 (MQ=255) tGTTTTCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCggg < 2:1554877/148‑1 (MQ=255) ttttCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGtt > 1:813723/1‑148 (MQ=255) tttCTCTAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTc > 1:2315407/1‑148 (MQ=255) | CGCCGAGAATAATACCACCATGACAAGTTGCACATTTATTATCTTTAAATAATTGATAGCCTTTTTTCTGTTGCGCCGTCAGCGCATTTTCATCTCCGCGCAACCATTTATCAAATGGGGAATCCGGCGTAATTAATGTTTTCTCAAATTCAGCAATGGCATCAGTAATATTTTCGCCACTGAAACCTTGCGGATAGACTTCGAGGAACTGCGTTTTAAGCTGCGGATCTTTTTCCAGCTTAGCAATAATTTCGTCCCAGGATTTCGACGCCATTTCAATCGGGTTCAAC > CP009273/3661465‑3661754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |