Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,832,308 | G→C | 22.3% | S234T (AGT→ACT) | yicL → | EamA family inner membrane putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,832,308 | 0 | G | C | 22.3% | 455.9 / 129.4 | 198 | S234T (AGT→ACT) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/97); new base C (16/24); total (77/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGAT > CP009273/3832161‑3832452 | cGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAg > 2:603432/1‑148 (MQ=255) cGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAg > 2:227792/1‑148 (MQ=255) gTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGt < 2:3096360/148‑1 (MQ=255) tACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTAAGTCCCTGAACTTTATTCt > 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aTGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTACTCTGTACCTGAAAGGAGCACaat < 1:885215/148‑1 (MQ=255) gCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACaatta < 1:2731289/148‑1 (MQ=255) tGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACaattaat < 2:3233808/148‑1 (MQ=255) gATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACaattaatt < 2:2725776/148‑1 (MQ=255) aTTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTg < 2:1363164/148‑1 (MQ=255) 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ttCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGc < 1:2885826/148‑1 (MQ=255) ttCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGc > 2:140596/1‑148 (MQ=255) tCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGcc < 1:280481/148‑1 (MQ=255) tCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGcc < 1:815516/148‑1 (MQ=255) tGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAg < 1:748825/148‑1 (MQ=255) 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tGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTttgctgtt > 2:1913259/1‑148 (MQ=255) cGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGAt < 1:1325312/148‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGAt > 2:2140772/1‑148 (MQ=255) tttttttATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCa < 1:2446510/148‑1 (MQ=255) tttttttATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTACTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCa < 1:3294102/148‑1 (MQ=255) tttttttATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTACTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCa < 1:1392543/148‑1 (MQ=255) tttttATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACg < 1:3569790/148‑1 (MQ=255) aTTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTcac < 1:1359110/148‑1 (MQ=255) tttGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTcaca < 2:2671551/148‑1 (MQ=255) ttGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACAt > 2:2608448/1‑148 (MQ=255) ggtggtCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTa < 1:140600/148‑1 (MQ=255) tGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGActgg > 2:2342048/1‑148 (MQ=255) tGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGATGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGActgg > 2:2342120/1‑148 (MQ=255) cGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTggg > 1:1416510/1‑148 (MQ=255) tCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGaa > 1:2485421/1‑148 (MQ=255) cccTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAAc > 2:3790077/1‑148 (MQ=255) cccTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAAc > 2:2660918/1‑148 (MQ=255) ccTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACg < 1:1686195/148‑1 (MQ=255) cTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAAATTGCGCACCAAAAGACAGCAATTTGAGCTGTGCATAACAATTAATTAGAGCGCAACTCTCTTTGCTGTTGCTGGTGAACACCTTCACATAACCTCACTGACTCGGAAAgc > 2:1499948/1‑148 (MQ=255) gACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACgctg < 2:3542724/148‑1 (MQ=255) aTTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGctgctg < 1:206296/148‑1 (MQ=255) | CGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGATTCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGAT > CP009273/3832161‑3832452 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |