Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 307,479 | G→A | 100% | intergenic (‑432/‑344) | ecpR ← / → ykgL | putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 307,479 | 0 | G | A | 98.6% | 962.0 / 2.0 | 290 | intergenic (‑432/‑344) | ecpR/ykgL | putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base A (124/162); total (126/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
CTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATTAAGTGAAGTTAAA > CP009273/307335‑307623 | cTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCa > 1:963899/1‑148 (MQ=255) tGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAAt > 2:3143143/1‑148 (MQ=255) tGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAAt < 1:3247770/148‑1 (MQ=255) gCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATc > 1:2710527/1‑148 (MQ=255) gCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATc < 1:928951/148‑1 (MQ=255) gCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATc < 1:84706/148‑1 (MQ=255) ttttATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGt < 1:2858322/148‑1 (MQ=255) tttATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTa < 2:3407785/148‑1 (MQ=255) tataTTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAg < 2:1787877/148‑1 (MQ=255) tataTTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAg < 1:2365435/148‑1 (MQ=255) atatTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGa < 1:1544009/148‑1 (MQ=255) atatTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGa > 1:3629679/1‑148 (MQ=255) ttGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGatat < 1:108793/148‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGatat < 1:2329133/148‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |