| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,888,274 | C→A | 54.9% | P88Q (CCG→CAG) | chrR → | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,888,274 | 0 | C | A | 54.9% | 37.1 / inf | 214 | P88Q (CCG→CAG) | chrR | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/42); new base A (81/36); total (136/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.54e-02 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
TTACCATCCATTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCT > CP009273/3888129‑3888421 | tACCATCCATTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAggg > 1:57141/1‑148 (MQ=255) ccatccatTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGTTCGTCACGGCGGACTATACCGACTCGGGACTGGGTg > 2:2281786/1‑148 (MQ=255) ccatccatTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTCCTCGGTACCGGGTg > 2:2381230/1‑148 (MQ=255) ccatccatTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTg > 2:1800047/1‑148 (MQ=255) atccatTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTggg > 1:3645558/1‑148 (MQ=255) atccatTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTggg < 1:2773160/148‑1 (MQ=255) ccatTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCt > 1:105474/1‑148 (MQ=255) ccatTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCt > 1:1994822/1‑148 (MQ=255) catTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTg < 1:3636660/148‑1 (MQ=255) ttGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGaa > 1:3072476/1‑148 (MQ=255) tGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGaaa > 2:2643829/1‑148 (MQ=255) tGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGaaa > 1:3506058/1‑148 (MQ=255) ccGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGaaaaa < 1:2193831/148‑1 (MQ=255) gACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATg > 2:2207143/1‑148 (MQ=255) aCATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGc < 1:432126/148‑1 (MQ=255) ttCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACATATCCGTCAGGCTGACTGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCAt < 1:2663946/148‑1 (MQ=255) ttCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCAt > 2:1701442/1‑148 (MQ=255) ttCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCAt > 2:1139001/1‑148 (MQ=255) tCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATc > 1:396229/1‑148 (MQ=255) tCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATc > 1:759878/1‑148 (MQ=255) tttGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGATGGTTTTCAAGCAAGGGTTGAAGCTGTGGCGTAACTTATCGTTCTGGGTGACGGTGTGGTGATCGTAACGCCGTAATTTAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGAc < 1:2616217/147‑1 (MQ=255) cTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGAc > 1:716057/1‑148 (MQ=255) ttGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACt < 2:1210115/148‑1 (MQ=255) aTGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCt < 2:3506058/148‑1 (MQ=255) cGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTcc < 1:2451358/148‑1 (MQ=255) cGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTg > 2:217615/1‑148 (MQ=255) gTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGc < 2:3614487/148‑1 (MQ=255) gcagGAAGAAGGTTTACCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGGGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGAt < 1:1765549/148‑1 (MQ=255) cagGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATc > 2:904431/1‑148 (MQ=255) cagGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATc > 1:2995123/1‑148 (MQ=255) gaagaaGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAAc > 1:104711/1‑148 (MQ=255) gaagaaGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAAc > 1:3668592/1‑148 (MQ=255) gaagaaGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAAc > 1:2680271/1‑148 (MQ=255) agaagGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCg > 2:463782/1‑148 (MQ=255) 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aCGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCgg > 1:2294625/1‑148 (MQ=255) aCGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCgg > 2:1517891/1‑148 (MQ=255) cGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGt < 2:1414237/148‑1 (MQ=255) cGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGt < 2:3480110/148‑1 (MQ=255) gTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTAt < 2:1953187/148‑1 (MQ=255) 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cGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCt < 1:1124250/148‑1 (MQ=255) | TTACCATCCATTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCT > CP009273/3888129‑3888421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |