| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,931,021 | C→A | 100% | A123E (GCG→GAG) | rbsK → | ribokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,931,021 | 0 | C | A | 99.2% | 756.8 / ‑3.4 | 231 | A123E (GCG→GAG) | rbsK | ribokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (137/91); total (138/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
CAGCAGCTCGCCACTGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGCGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTAACCCGGCTCCGGC > CP009273/3930876‑3931162 | cagcagCTCGCCACTGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCACAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGgagc < 1:835140/148‑1 (MQ=255)cagcagCTCGCCACTGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCACTAATGCTGCCCTTTCCCCGgagc > 1:3795703/1‑148 (MQ=255)cagcagCTCGCCACTGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCACTAATGCTGCCCTTTCCCCGgagc > 1:1996348/1‑148 (MQ=255) cTCGCCACTGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCtggtgg < 2:2468161/148‑1 (MQ=255) tCGCCACTGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGa < 1:3630912/148‑1 (MQ=255) cACTGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAgcg > 2:226788/1‑148 (MQ=255) cACTGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAgcg > 2:224095/1‑148 (MQ=255) cTGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATTCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCa > 1:966840/1‑148 (MQ=255) cTGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCa < 1:953623/148‑1 (MQ=255) tGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTTATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCaa > 1:2113204/1‑148 (MQ=255) tAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGt > 2:389515/1‑148 (MQ=255) tAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGt > 1:2514776/1‑148 (MQ=255) tAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGt > 1:585066/1‑148 (MQ=255) tAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGt < 1:2015052/148‑1 (MQ=255) tAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGt < 1:2014813/148‑1 (MQ=255) tAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGt > 2:2948978/1‑148 (MQ=255) tAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGt > 2:358682/1‑148 (MQ=255) aaCATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTg > 2:3528658/1‑148 (MQ=255) aaCATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTg > 1:406181/1‑148 (MQ=255) aCATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGa > 1:2860172/1‑148 (MQ=255) cATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAg < 1:1668729/148‑1 (MQ=255) cATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAg < 2:3051946/148‑1 (MQ=255) tGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGt > 2:2108581/1‑148 (MQ=255) tGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGt > 2:1187991/1‑148 (MQ=255) tGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGt > 1:511413/1‑148 (MQ=255) tGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGt > 1:3341745/1‑148 (MQ=255) gATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTa < 1:1459920/148‑1 (MQ=255) atatTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTAt < 1:307265/148‑1 (MQ=255) tatTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTAtt > 1:1819957/1‑148 (MQ=255) atTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTg < 2:1790280/148‑1 (MQ=255) atTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTg < 1:1162581/148‑1 (MQ=255) ttACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGc > 1:1345285/1‑148 (MQ=255) aCTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCa > 1:93251/1‑148 (MQ=255) cTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGTTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCaa > 2:270927/1‑148 (MQ=255) cAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCa > 2:2851031/1‑148 (MQ=255) tGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCatt < 2:1229276/148‑1 (MQ=255) aTCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCattat < 2:1661554/148‑1 (MQ=255) aaaGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTaa > 1:3544936/1‑148 (MQ=255) aaaGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTaa > 2:445079/1‑148 (MQ=255) cGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAg > 2:731703/1‑148 (MQ=255) aTCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTg > 2:3138388/1‑148 (MQ=255) tCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTgg > 2:2309622/1‑148 (MQ=255) cAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGa > 2:673062/1‑148 (MQ=255) cAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGa > 1:2840334/1‑148 (MQ=255) cAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGa > 2:2315761/1‑148 (MQ=255) cAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATc > 2:2644196/1‑148 (MQ=255) gtgtGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAGGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATcacc > 1:3281057/1‑148 (MQ=255) gtgtGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATcacc > 2:2320922/1‑148 (MQ=255) tgGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACt > 1:231701/1‑148 (MQ=255) tgGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACt > 1:2689620/1‑148 (MQ=255) ggCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTc < 2:925755/148‑1 (MQ=255) cgcTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGa > 1:63866/1‑148 (MQ=255) cgcTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGa > 1:2957904/1‑148 (MQ=255) tGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAg < 1:2190514/148‑1 (MQ=255) tGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAg < 1:3646641/148‑1 (MQ=255) aTTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAgtg < 1:156467/148‑1 (MQ=255) aTTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAgtg < 1:3257049/148‑1 (MQ=255) aTTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAgtg < 1:2714560/148‑1 (MQ=255) tttttGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAgtgt > 1:1320620/1‑148 (MQ=255) tttGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGa > 2:1981433/1‑148 (MQ=255) tttGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCATCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGa < 2:3205998/148‑1 (MQ=255) tAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCa > 1:2477985/1‑148 (MQ=255) tAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCa > 1:1823309/1‑148 (MQ=255) aTGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAgc < 1:2192569/148‑1 (MQ=255) tGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAgcg > 2:3656062/1‑148 (MQ=255) tGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAgcg > 1:2102028/1‑148 (MQ=255) gCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAgcggc > 1:87013/1‑148 (MQ=255) gAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGa > 1:1767947/1‑148 (MQ=255) aGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGaaa < 2:716168/148‑1 (MQ=255) ggTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGaaaa < 2:66190/148‑1 (MQ=255) gTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGCGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAAt < 2:476797/148‑1 (MQ=255) gagaATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCg > 1:1045818/1‑148 (MQ=255) gaATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGcc > 2:1563346/1‑148 (MQ=255) aTGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCa > 2:1257532/1‑148 (MQ=255) tGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCAt > 2:1765544/1‑148 (MQ=255) cATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCaa > 2:2879106/1‑148 (MQ=255) aTCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCaaa < 2:3096815/148‑1 (MQ=255) cGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAAt > 2:1686533/1‑148 (MQ=255) cGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAAt > 2:1686802/1‑148 (MQ=255) cGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAAt < 2:3270831/148‑1 (MQ=255) cGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAAt > 2:2084550/1‑148 (MQ=255) cGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAAt < 2:3679468/148‑1 (MQ=255) ggTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATa < 2:2665953/148‑1 (MQ=255) ggTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATa < 2:1858870/148‑1 (MQ=255) tATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAg < 2:3765838/148‑1 (MQ=255) tCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACt > 1:2701697/1‑148 (MQ=255) cATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTa > 2:3254602/1‑148 (MQ=255) ggCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTg < 2:616862/148‑1 (MQ=255) gcTAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTgcgc < 2:1383513/148‑1 (MQ=255) tAATGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCtt > 2:156599/1‑148 (MQ=255) aaTGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTa < 1:64616/148‑1 (MQ=255) aaTGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTa < 2:725544/148‑1 (MQ=255) aTGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTaa < 2:3739308/148‑1 (MQ=255) aTGCTGCCCTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTaa < 2:545253/148‑1 (MQ=255) cTTTCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTAACccggctc > 1:1832680/1‑148 (MQ=255) ttCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTAACccggctccg > 1:3642022/1‑148 (MQ=255) ttCCCCGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTAACccggctccg > 1:1289410/1‑148 (MQ=255) ccccGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTAACccggctccggc < 1:1686808/148‑1 (MQ=255) ccccGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTAACccggctccggc < 1:3578259/148‑1 (MQ=255) ccccGGAGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTAACccggctccggc < 1:1686533/148‑1 (MQ=255) | CAGCAGCTCGCCACTGATAACATTGATATTACTCCGGTCAGCGTGATCAAAGGCGAATCAACAGGTGTGGCGCTGATTTTTGTTAATGGCGAAGGTGAGAATGTCATCGGTATTCATGCCGGCGCTAATGCTGCCCTTTCCCCGGCGCTGGTGGAAGCGCAACGTGAGCGTATTGCCAACGCGTCAGCATTATTAATGCAGCTGGAATCACCACTCGAAAGTGTGATGGCAGCGGCGAAAATCGCCCATCAAAATAAGACTATCGTTGCGCTTAACCCGGCTCCGGC > CP009273/3930876‑3931162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |