| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,024,827 | G→T | 100% | D103Y (GAT→TAT) | pepQ → | proline dipeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,024,827 | 0 | G | T | 99.2% | 866.2 / ‑2.1 | 272 | D103Y (GAT→TAT) | pepQ | proline dipeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base T (120/149); total (122/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CAATTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAAGATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCAGCAACATCAACCCGAAAGGG > CP009273/4024683‑4024970 | cAATTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATAtg < 2:246516/148‑1 (MQ=255) aaTTCAAACCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATAtgt > 1:3074315/1‑148 (MQ=255) aTTCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATAtgtg > 2:1458751/1‑148 (MQ=255) ttCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTgg < 2:3488396/148‑1 (MQ=255) ttCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTgg < 2:2811976/148‑1 (MQ=255) tCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGa > 1:2369145/1‑148 (MQ=255) tCAAAGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGa < 1:2123518/148‑1 (MQ=255) aaGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGt > 1:2906294/1‑148 (MQ=255) aaGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGt > 2:2499190/1‑148 (MQ=255) aaGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGt < 2:1594944/148‑1 (MQ=255) aGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTg > 1:3271697/1‑148 (MQ=255) aGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTg > 1:3439879/1‑148 (MQ=255) aGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTg < 2:622016/148‑1 (MQ=255) aGCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTg > 2:1964462/1‑148 (MQ=255) gCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGa > 2:1693576/1‑148 (MQ=255) gCGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGa < 1:3562328/148‑1 (MQ=255) cGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGAt > 1:3706386/1‑148 (MQ=255) cGTGGGTGCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGAt < 2:3628897/148‑1 (MQ=255) gCCGGTAACTCAGGTGCCAAACTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTg < 2:3091967/148‑1 (MQ=255) 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aCTGCTGGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTgg < 2:3448687/148‑1 (MQ=255) ctgctgGTTGCTGGTGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGt < 1:116099/148‑1 (MQ=255) tgctgggtgctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTa < 2:847321/148‑1 (MQ=255) gttgctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAgcctg < 1:3767355/148‑1 (MQ=255) ttgctggtGGATGGCGTGAACAAGCCGAAACTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAgcctgc > 2:3090917/1‑148 (MQ=255) 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aaaCTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGtt > 2:1395254/1‑148 (MQ=255) aaaCTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGtt > 2:3300612/1‑148 (MQ=255) aaCTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTta < 2:2843796/148‑1 (MQ=255) aCTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTtat < 1:1796761/148‑1 (MQ=255) cTGTGGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTtata > 2:2220868/1‑148 (MQ=255) tgtgGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTatat < 2:3194280/148‑1 (MQ=255) tgGTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCg > 1:488997/1‑148 (MQ=255) gTTCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGt < 1:1415508/148‑1 (MQ=255) tCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCACTATCGGTTATATCGGTcc > 2:678787/1‑148 (MQ=255) tCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTcc > 2:2130516/1‑148 (MQ=255) tCTATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTcc > 2:389679/1‑148 (MQ=255) tATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCgg < 1:3264599/148‑1 (MQ=255) tATCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCgg < 1:1361382/148‑1 (MQ=255) tCTGCCGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTg < 1:1483136/148‑1 (MQ=255) ccGGTTGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCgg > 1:2691412/1‑148 (MQ=255) 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ttGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACg > 2:1099083/1‑148 (MQ=255) tGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGt < 2:3360219/148‑1 (MQ=255) tGATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGt > 1:2762754/1‑148 (MQ=255) gATTACTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTg < 2:1500103/148‑1 (MQ=255) cTGGCACAACGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTg > 2:2265910/1‑148 (MQ=255) 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cGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGt > 1:1623527/1‑148 (MQ=255) cGTCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGt < 2:3012469/148‑1 (MQ=255) tCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTAt < 1:3112471/148‑1 (MQ=255) tCGAACCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTAt < 2:1574474/148‑1 (MQ=255) aaCCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGa > 2:3438252/1‑148 (MQ=255) aCCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAg > 1:150184/1‑148 (MQ=255) aCCGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAg > 1:1299030/1‑148 (MQ=255) ccGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCACCTGGGTATTGAgg > 2:397639/1‑148 (MQ=255) cGCTGCCGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGc > 1:3478589/1‑148 (MQ=255) ccGACCTCTTTCTGGACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCAGCa < 1:3146340/148‑1 (MQ=255) 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gACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCAGCAACATCAACCCGaaa < 1:991993/148‑1 (MQ=255) gACTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCAGCAACATCAACCCGaaa < 1:2707728/148‑1 (MQ=255) cTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCAGCAACATCAACCCGAAAgg < 2:2226608/148‑1 (MQ=255) cTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCAGCAACATCAACCCGAAAgg < 1:1703418/148‑1 (MQ=255) cTGAATATGTGGAAGTGATCGCGCTGCCGAAAGCCGATGGCATTGGTAGCCTGCTGCCTGCTGCGCGCGGCAATATCGGTTATATCGGTCCGGTGCCGGAACGTGCGCTGCAACTGGGTATTGAGGCCAGCAACATCAACCCGAAAgg < 1:1053333/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |