| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,055,671 | A→T | 7.1% | K22I (AAA→ATA) | yihN → | MFS transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,055,671 | 0 | A | T | 7.1% | 1065.7 / 54.9 | 347 | K22I (AAA→ATA) | yihN | MFS transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (143/179); new base T (15/10); total (158/189) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
CAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTAC > CP009273/4055524‑4055817 | aGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATcaa > 2:3181242/1‑148 (MQ=255) aGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATaaa > 2:1276380/1‑148 (MQ=255) taataaAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTa < 2:586672/148‑1 (MQ=255) ataaAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACCGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTAcc > 2:1299977/1‑148 (MQ=255) taaAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCg > 2:2654232/1‑148 (MQ=255) aaaaCCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATATATTACCGt > 1:1739279/1‑148 (MQ=255) aaaaCCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGGACAATTTATATATTAACGt > 1:2355128/1‑148 (MQ=255) aTTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGa > 1:1499383/1‑148 (MQ=255) ttCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGaa > 1:2429837/1‑148 (MQ=255) 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tACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGcc > 1:258044/1‑148 (MQ=255) aaTTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGAt < 2:666851/148‑1 (MQ=255) tttATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATaa < 2:2789018/148‑1 (MQ=255) tttATAAATGACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATaa < 1:1686385/148‑1 (MQ=255) ttATATATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCAATTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTGTGTGTATTTTTTTTGCCGATaaa > 1:1015248/1‑148 (MQ=255) taAATTACCGTCGCTGAAAGATTCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTa < 2:2963760/148‑1 (MQ=255) | CAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTAC > CP009273/4055524‑4055817 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |