Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 317,203 | G→A | 100% | intergenic (+411/‑116) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 317,203 | 0 | G | A | 98.2% | 1087.0 / 6.5 | 334 | intergenic (+411/‑116) | rclR/ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base A (150/177); total (154/180) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
AGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTA > CP009273/317061‑317346 | tGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTa < 2:2231589/148‑1 (MQ=255) tAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATTCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATg < 2:1960177/148‑1 (MQ=255) gCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGtt > 2:1012972/1‑148 (MQ=255) tttttAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTCTGTTGCTa > 1:2269103/1‑148 (MQ=255) tttttAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTa > 1:2466430/1‑148 (MQ=255) tAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCa > 1:118557/1‑148 (MQ=255) aaTGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCact > 2:2862676/1‑146 (MQ=255) aTGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAAtt > 2:1093538/1‑148 (MQ=255) ggATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTaa > 2:261317/1‑148 (MQ=255) 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aTTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGAtgattg > 1:3760753/1‑148 (MQ=255) tttCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGAtgattga < 1:1903901/148‑1 (MQ=255) ttCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGAtgattgat < 1:1777415/148‑1 (MQ=255) ttCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGAtgattgat > 2:3525347/1‑148 (MQ=255) tCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATAAAAGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATc < 1:3376959/148‑1 (MQ=255) 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cATTTGTCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCt > 2:119312/1‑148 (MQ=255) gttGTAATACAAATAAAGTGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCttt < 2:743518/147‑1 (MQ=255) tCATACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCa > 1:2539983/1‑148 (MQ=255) aTACAAATAAAGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAcc < 1:3353125/148‑1 (MQ=255) aTACAAATAAAAGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAcc > 1:258387/1‑148 (MQ=255) 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AGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTA > CP009273/317061‑317346 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |