Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,122,248 | A→T | 100% | intergenic (+53/‑296) | metL → / → metF | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,122,248 | 0 | A | T | 97.7% | 917.9 / 6.6 | 280 | intergenic (+53/‑296) | metL/metF | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/5); new base T (126/147); total (128/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
AACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATCCTGAA > CP009273/4122103‑4122392 | cccTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGa > 2:565920/1‑148 (MQ=255) ctctGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGaaa > 2:932964/1‑148 (MQ=255) ctctGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGaaa > 2:3218226/1‑148 (MQ=255) tctGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAat < 1:3338811/148‑1 (MQ=255) tGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAatat < 2:3039698/148‑1 (MQ=255) ggTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAatata > 2:3728831/1‑148 (MQ=255) ggTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAatata < 1:1449825/148‑1 (MQ=255) gTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAatatat < 1:2794335/148‑1 (MQ=255) tGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATAtt > 1:3144197/1‑148 (MQ=255) tGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATAtt > 1:2490749/1‑148 (MQ=255) gATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTg > 2:1159796/1‑148 (MQ=255) aTCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGa > 2:1640723/1‑148 (MQ=255) tCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGaa > 1:509413/1‑148 (MQ=255) tCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGAAATATATTGaa < 1:2848445/148‑1 (MQ=255) 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tCTTATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATCCTGaa > 2:326937/1‑148 (MQ=255) | AACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATCCTGAA > CP009273/4122103‑4122392 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |