| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,125,407 | C→A | 100% | H549N (CAT→AAT) | katG → | catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,125,407 | 0 | C | A | 96.8% | 575.7 / 9.5 | 186 | H549N (CAT→AAT) | katG | catalase‑peroxidase HPI, heme b‑containing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/1); new base A (83/97); total (88/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
GGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCG > CP009273/4125262‑4125551 | ggATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAAt > 2:314996/1‑148 (MQ=255)ggATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAAt < 2:463419/148‑1 (MQ=255)ggATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAAt > 2:2348636/1‑148 (MQ=255)ggATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTAAt > 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aTTAATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCg > 2:2842151/1‑148 (MQ=255) | GGATGTGAACGCCGCAGCCGTTCGTGCTCTGCCTGTTCTGGAGAAAATCCAGAAAGAGTCTGGTAAAGCCTCGCTGGCGGATATCATAGTGCTGGCTGGTGTGGTTGGTGTTGAGAAAGCCGCAAGCGCCGCAGGTTTGAGCATTCATGTACCGTTTGCGCCGGGTCGCGTTGATGCGCGTCAGGATCAGACTGACATTGAGATGTTTGAGCTGCTGGAGCCAATTGCTGACGGTTTCCGTAACTATCGCGCTCGTCTGGACGTTTCCACCACCGAGTCACTGCTGATCG > CP009273/4125262‑4125551 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |