Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 320,920 | G→A | 100% | S52S (AGC→AGT) | ykgH ← | putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 320,920 | 0 | G | A | 99.6% | 859.6 / ‑4.6 | 267 | S52S (AGC→AGT) | ykgH | putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (117/149); total (117/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TTTCTCTGTTCTTGACATCTGGGCTGGTGTGAAAAAATGTAGTAATTCGCTGAATAACATCTTCAGTCATTGTAGTCTGACAGGCAAAATTATTATTGCTATCACAGCTAACAAGTATACCTGGCGTTGTCTGGTTTATTTTTAGGCTGTAAATCACTTTTATATTGTCTTTATTGATATACAGAAACAACAGCACCATAGCCATACATATAGCCATAATAAAAAGGATAACACGAATCTTTTTCTTCAGATAAAATAAAATCTCAATCAGATCGATATCCTGTTTGATT > CP009273/320775‑321064 | ctctGTTCTTGACATCTGGGCTGGTGTGAAAAAATGTAGTAATTCGCTGAATAACATCTTCAGTCATTGTAGTCTGACAGGCAAAATTATTATTGCTATCACAGCTAACAAGTATACCTGGCGTTGTCTGGTTTATTTTTAGACTGTa > 1:450123/1‑148 (MQ=255) ctctGTTCTTGACATCTGGGCTGGTGTGAAAAAATGTAGTAATTCGCTGAATAACATCTTCAGTCATTGTAGTCTGACAGGCAAAATTATTATTGCTATCACAGCTAACAAGTATACCTGGCGTTGTCTGGTTTATTTTTAGACTGTa > 1:327162/1‑148 (MQ=255) tGTTCTTGACATCTGGGCTGGTGTGAAAAAATGTAGTAATTCGCTGAATAACATCTTCAGTCATTGTAGTCTGACAGGCAAAATTATTATTGCTATCACAGCTAACAAGTATACCTGGCGTTGTCTGGTTTATTTTTAGACTGTAAAt < 1:579118/148‑1 (MQ=255) ttCTTGACATCTGGGCTGGTGTGAAAAAATGTAGTAATTCGCTGAATAACATCTTCAGTCATTGTAGTCTGACAGGCAAAATTATTATTGCTATCACAGCTAACAAGTATACCTGGCGTTGTCTGGTTTATTTTTAGACTGTAAATCa < 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taATTCGCTGAATAACATCTTCAGTCATTGTAGTCTGACAGGCAAAATTATTATTGCTATCACAGCTAACAAGTATACCTGGCGTTGTCTGGTTTATTTTTAGACTGTAAATCACTTTTATATTGTCTTTATTGATATACAGAaacaa > 2:3499583/1‑148 (MQ=255) taATTCGCTGAATAACATCTTCAGTCATTGTAGTCTGACAGGCAAAATTATTATTGCTATCACAGCTAACAAGTATACCTGGCGTTGTCTGGTTTATTTTTAGACTGTAAATCACTTTTATATTGTCTTTATTGATATACAGAaacaa < 2:721191/148‑1 (MQ=255) taATTCGCTGAATAACATCTTCAGTCATTGTAGTCTGACAGGCAAAATTATTATTGCTATCACAGCTAACAAGTATACCTGGCGTTGTCTGGTTTATTTTTAGACTGTAAATCACTTTTATATTGTCTTTATTGATATACAGAaacaa > 2:1968629/1‑148 (MQ=255) taATTCGCTGAATAACATCTTCAGTCATTGTAGTCTGACAGGCAAAATTATTATTGCTATCACAGCTAACAAGTATACCTGGCGTTGTCTGGTTTATTTTTAGACTGTAAATCACTTTTATATTGTCTTTATTGATATACAGAaacaa < 1:1513314/148‑1 (MQ=255) ttCGCTGAATAACATCTTCAGTCATTGTAGTCTGACAGGCAAAATTATTATTGCTATCACAGCTAACAAGTATACCTGGCGTTGTCTGGTTTATTTTTAGACTGTAAATCACTTTTATATTGTCTTTATTGATATACAGAAACAACAg > 2:220537/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |