| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,248,129 | T→G | 15.2% | W154G (TGG→GGG) | dinF → | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,248,129 | 0 | T | G | 15.2% | 363.5 / 75.5 | 177 | W154G (TGG→GGG) | dinF | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/73); new base G (11/16); total (88/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTG > CP009273/4247982‑4248272 | cGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCt < 1:588325/148‑1 (MQ=255) tACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTgg < 2:1484224/148‑1 (MQ=255) aCGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGt < 1:1930057/148‑1 (MQ=255) aCGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGt < 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ccGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAGCGCACCgg > 1:1746735/1‑148 (MQ=255) ttGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGt < 2:2140903/148‑1 (MQ=255) gCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCg < 1:1542371/148‑1 (MQ=255) gCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCg < 1:1542387/148‑1 (MQ=255) tGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCt < 2:3782608/148‑1 (MQ=255) 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cgcTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTctggc < 1:2966432/148‑1 (MQ=255) cgcTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTctggc < 1:1058242/148‑1 (MQ=255) cgcTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTctggc > 1:3497425/1‑148 (MQ=255) cgcTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTctggc > 1:563997/1‑148 (MQ=255) gcTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTctggct < 1:3025020/148‑1 (MQ=255) 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ccGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTg > 1:819089/1‑148 (MQ=255) | CGTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTG > CP009273/4247982‑4248272 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |