| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,249,117 | G→T | 100% | intergenic (+68/‑48) | dinF → / → yjbJ | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein/stress‑induced protein, UPF0337 family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,249,117 | 0 | G | T | 96.1% | 702.8 / 16.0 | 230 | intergenic (+68/‑48) | dinF/yjbJ | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein/stress‑induced protein, UPF0337 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/1); new base T (129/92); total (137/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.77e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAAGAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGTAACTGGAAACAGTTTAAAGGTAAAGTGAAAGAGCAATGGGGCAAACTGACCGATGATGATATGACGATCAT > CP009273/4248973‑4249259 | ggCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATaaaa > 2:329173/1‑148 (MQ=255) ggCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATaaaa > 1:3706733/1‑148 (MQ=255) gCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAg < 2:577434/148‑1 (MQ=255) gTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTg < 1:3090064/148‑1 (MQ=255) ttGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGa > 1:491318/1‑148 (MQ=255) ttGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGa > 1:491101/1‑148 (MQ=255) ttGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGa < 1:3565673/148‑1 (MQ=255) ttGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGa < 1:3543605/148‑1 (MQ=255) cgGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTa > 1:771009/1‑148 (MQ=255) cgGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTa < 2:2683613/148‑1 (MQ=255) ggCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTAct > 2:141432/1‑148 (MQ=255) gCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTActc > 2:2555764/1‑148 (MQ=255) cTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTActct > 2:375860/1‑148 (MQ=255) ttCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCa < 2:2998780/148‑1 (MQ=255) 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tCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCtt > 1:653920/1‑148 (MQ=255) cACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTg > 2:2379398/1‑148 (MQ=255) cTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGAt > 1:3217186/1‑148 (MQ=255) ggCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTa < 2:1934680/148‑1 (MQ=255) cgcAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATg > 1:1828997/1‑148 (MQ=255) 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ttGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCcg < 1:1546786/148‑1 (MQ=255) gCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGt < 1:2741317/148‑1 (MQ=255) aCGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGTAAc > 2:1196751/1‑148 (MQ=255) gACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGTAACTGGa > 2:3261556/1‑148 (MQ=255) cGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAATAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGTAACTGGaaa > 1:820373/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |