| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,310,259 | C→A | 8.2% | A74A (GCG→GCT) | phnI ← | ribophosphonate triphosphate synthase complex putative catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,310,259 | 0 | C | A | 8.2% | 666.3 / 20.4 | 192 | A74A (GCG→GCT) | phnI | ribophosphonate triphosphate synthase complex putative catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/74); new base A (6/10); total (107/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCG > CP009273/4310113‑4310406 | tCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCg > 1:267562/1‑148 (MQ=255) tAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCtt < 1:1013679/148‑1 (MQ=255) gTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCaa < 1:61432/148‑1 (MQ=255) ggCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGtt < 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ccAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTAt < 1:1106931/148‑1 (MQ=255) ccAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTAt < 1:483173/148‑1 (MQ=255) aaGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATcg < 2:351587/148‑1 (MQ=255) gcagcTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATcgcc > 2:328245/1‑148 (MQ=255) gcagcTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATcgcc > 2:3053466/1‑148 (MQ=255) cagcTGGCCGCCGGTAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGCCGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATcgccg < 1:90420/148‑1 (MQ=255) cagcTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATcgccg > 2:3341866/1‑148 (MQ=255) cTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTg > 1:2771671/1‑148 (MQ=255) cTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTg < 2:3196803/148‑1 (MQ=255) ggCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGc < 2:2363858/148‑1 (MQ=255) 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ttATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCCACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTcagcgccagcg > 1:2037236/1‑148 (MQ=255) ttATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTcagcgccagcg > 2:3315345/1‑148 (MQ=255) aaCGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCgccgcc > 1:2830491/1‑148 (MQ=255) cggcggAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAg > 2:1517490/1‑148 (MQ=255) gaTACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCgg > 1:3442411/1‑148 (MQ=255) 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aaTCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTa < 1:2506282/148‑1 (MQ=255) aaTCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTa > 1:2754616/1‑148 (MQ=255) aaTCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTa > 1:1598756/1‑148 (MQ=255) aTCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTGGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTAt > 2:2572179/1‑148 (MQ=255) aTCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTAt > 2:2400810/1‑148 (MQ=255) 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cGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCg > 2:2961344/1‑148 (MQ=255) | TCGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCG > CP009273/4310113‑4310406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |