| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,350,570 | T→A | 11.6% | E394D (GAA→GAT) | cadC ← | cadBA operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,350,570 | 0 | T | A | 11.6% | 736.9 / 72.3 | 250 | E394D (GAA→GAT) | cadC | cadBA operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (105/116); new base A (16/13); total (121/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GCCAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAA > CP009273/4350423‑4350717 | gCCAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGtttt < 1:848446/148‑1 (MQ=255)gCCAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAAGTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGtttt < 2:1325648/148‑1 (MQ=255) cAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTc > 1:488743/1‑148 (MQ=255) cAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTc < 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ttCATCTAAATGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAaataa < 2:2843022/148‑1 (MQ=255) | GCCAGTATTTATCGCCTGGTAAGACTCATCTGTTTTACCTTTTACCAGAGCACTGACCGCTTTTATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAA > CP009273/4350423‑4350717 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |