| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,358,390 | A→C | 100% | intergenic (‑246/‑91) | aspA ← / → fxsA | aspartate ammonia‑lyase/suppressor of F exclusion of phage T7 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,358,390 | 0 | A | C | 98.7% | 1174.0 / ‑0.9 | 293 | intergenic (‑246/‑91) | aspA/fxsA | aspartate ammonia‑lyase/suppressor of F exclusion of phage T7 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base C (133/156); total (135/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
GAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCA > CP009273/4358245‑4358534 | gAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCACAAACATCTTGACAt > 1:3156609/1‑148 (MQ=255) tACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCACACATCTTGACAtttt > 2:2776001/1‑148 (MQ=255) aCCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTg > 1:388307/1‑148 (MQ=255) gagaTCATATGCTGCTTGTGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTaa < 2:1965122/148‑1 (MQ=255) gagaTCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTaa > 1:1106168/1‑148 (MQ=255) gagaTCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTaa < 2:3498643/148‑1 (MQ=255) gaTCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATg < 1:700124/148‑1 (MQ=255) aTCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGa < 2:3573081/148‑1 (MQ=255) cATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGAcc < 2:3632225/148‑1 (MQ=255) atGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACcaca > 1:2846971/1‑148 (MQ=255) tgctgcTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACaa > 1:2194293/1‑148 (MQ=255) gctgctTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAat < 1:1419153/148‑1 (MQ=255) gctgctTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAat > 2:719009/1‑148 (MQ=255) gctgctTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGACATTTTGCTAATGACCACAat > 1:2535149/1‑148 (MQ=255) 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tGACATTTTGCTGATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCa > 2:912437/1‑148 (MQ=255) | GAATACCCGAGATCATATGCTGCTTGAGGATTTCTACCGTAATCTGGATCACTTTAAGTGTCGGTTTTTACCCCTTAATTATTAATTTGTGAAATAGATCACCGCTTTGGGATTACTA‑CCAAAAATAGTTGCGCAAACATCTTGAAATTTTGCTAATGACCACAATATAAGCTAAACGCGATTCGCAACCCATTCAGGTAGCCGGGGTTAACCGGCTGCTATTACAGGAGAAACCTTTGCGCTGGTTACCTTTTATTGCCATTTTCCTTTATGTCTATATTGAGATTTCA > CP009273/4358245‑4358534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |