Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,417,122 | G→T | 100% | R40S (CGT→AGT) | yjfZ ← | uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,417,122 | 0 | G | T | 100.0% | 867.1 / ‑6.7 | 297 | R40S (CGT→AGT) | yjfZ | uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); major base T (148/142); minor base A (4/0); total (152/145) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
ATCCAAAAGAATTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACGATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATTGATGAAATTTTAATTTTACTGGTTTGTCGGTGGACGAAAAACGAGATAAATATGCAGGAAATGAATAAATAGTCGTTGGTAATGTCATTGTAATGTTACCTGTTTAATGTTTTTA > CP009273/4416978‑4417266 | tccaAAAGAATTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTAttt > 2:3768657/1‑148 (MQ=255) tccaAAAGAATTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCGAACGTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGTTCTCTTCCACTAttt > 1:748826/1‑148 (MQ=255) ccaAAAGAATTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACGTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTg > 1:3752564/1‑148 (MQ=255) caAAAGAATTATCACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGa > 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cACCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAgc > 1:1590851/1‑148 (MQ=255) aCCATTCATTGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAgcg > 1:3052601/1‑148 (MQ=255) ttcattGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAAATATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAAAGTATCgcgtg > 1:669761/1‑148 (MQ=255) tcattGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATTATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCgcgtgc > 1:3320676/1‑148 (MQ=255) ttGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATTATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTa > 1:131035/1‑148 (MQ=255) ttGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTa > 2:3213529/1‑148 (MQ=255) ttGTGATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTa > 2:136659/1‑148 (MQ=255) tgtgATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTAt > 2:693640/1‑148 (MQ=255) tgATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATtg < 1:2067951/148‑1 (MQ=255) gATTCCATCGTAAGCATTACACCTCGTCGCTAACTTATTGAATGCTTGCCAGTCTGAGAGATCTAGTTTGTGGATCTCAACAGTACGTCTGCCATCGCAATTATGATCTCTTCCACTATTTGAAAGTAATGTAGCGCGTGCGTATtga > 2:404468/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |