Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,432,180 | A→T | 7.8% | intergenic (‑187/‑19) | msrA ← / → tamA | methionine sulfoxide reductase A/translocation and assembly module for autotransporter export, outer membrane subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,432,180 | 0 | A | T | 7.8% | 620.6 / 33.4 | 205 | intergenic (‑187/‑19) | msrA/tamA | methionine sulfoxide reductase A/translocation and assembly module for autotransporter export, outer membrane subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (101/88); new base T (12/4); total (113/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGCTT > CP009273/4432033‑4432327 | gTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAg < 2:3267215/148‑1 (MQ=255) aaCAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAGGa < 1:737587/148‑1 (MQ=255) aCAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAGGat < 1:912570/148‑1 (MQ=255) aCAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAGGat 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ccAGGGGCAGGAAAAAAGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGaa < 1:2066920/148‑1 (MQ=255) aGGGGCAGGAAAAAAGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACg < 1:794313/148‑1 (MQ=255) gCAGGAAAAAAGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTAGATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCg < 1:782515/148‑1 (MQ=255) aaaaGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAg > 2:1865344/1‑148 (MQ=255) aaaGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGc < 1:109986/148‑1 (MQ=255) aaaGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGc > 1:2383727/1‑148 (MQ=255) aaaGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGc > 1:2575592/1‑148 (MQ=255) aaaGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGc < 2:2546477/148‑1 (MQ=255) aaGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGACAAGAACGTTCGTGCGCAGCt > 2:2686647/1‑148 (MQ=255) aGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGCtt > 2:1434411/1‑148 (MQ=255) aGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGCtt > 2:3229997/1‑148 (MQ=255) | TGTAACAAGAGGCGTATTTGCACACAATAACCACCGTGAATAGGTCTAAAGTAAAACATAAGAAATATTTGGGGTTTAGTCTGCTTTTTAATCCATATTACTGGATTTTTGTTAAGCCGTTTAACGGCGTTCCAGGGGCAGGAAAAAAGGATATTCAGGAGAAAATGTGCGCTATATCCGACAGTTATGCTGTGTAAGCTTACTCTGCTTAAGCGGATCTGCCGTCGCCGCGAACGTCCGTCTACAGGTCGAGGGGTTATCGGGACAGCTGGAAAAGAACGTTCGTGCGCAGCTT > CP009273/4432033‑4432327 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |